快速搭建自己的conda环境---以bioconda为例

快速搭建conda环境

1. 下载安装 bioconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #Enter 
source ~/.bashrc

2. 添加一些常用的channels

conda config --add channels conda-forge # Lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

显示已有的通道

conda config --get channels

3. 更新miniconda（可选）

conda update --name base conda
#或
conda update -n base -c defaults conda

4. conda安装软件

#直接安装--以blast为例
conda install blast
#或
conda install -c bioconda blast

#或者也可为软件创建独立的环境
conda create -n blast_env -c bioconda blast
#进入为blast创建的blast_env
conda activate blast_env

5. conda的其他命令介绍

#激活
conda activate env
#关闭
conda deactivate
#显示当先环境
conda env list
#删除环境
conda remove -n name --all
#某个环境下的所有的软件
conda list -n env

6.conda加速器mamba

#安装
conda install -c conda-forge mamba

安装之后前面的下载软件的命令例如：conda install -c bioconda blast 可以替换成

mamba install -c bioconda blast

下载速度会更快。

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