关于Rstudio最新版本中Biobase和GEOquery安装的问题

最新推荐文章于 2023-03-15 11:11:52 发布
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分类专栏： R语言 文章标签： 数据挖掘 生物信息学
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关于Rstudio最新版本中Biobase和GEOquery安装的问题

本来是3.6版本R，但是我的4.03版本的R也安装成功了。

if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“GEOquery”)

bioBase 安装类似：

if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“Biobase”)

使用R语言获取GEO表达数据
DarcyCode的博客
09-27 1262
在生物信息学研究中，GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公共数据库，包含了大量的基因表达数据。通过使用R语言，我们可以方便地获取和分析这些数据，从而进行生物信息学研究。通过以上步骤，我们可以使用R语言轻松地获取GEO表达数据，并进行进一步的数据处理和分析。例如，我们可以对表达数据进行基本的统计分析，如计算基因的平均表达量、标准差等。除了基本的统计分析，我们还可以使用其他R包进行更高级的数据分析和可视化。现在，我们已经成功获取了GEO数据集的样本信息和表达数据。包进行数据可视化等。
pytorch python2.7_pytorch安装
weixin_39573981的博客
12-15 1774
环境:ubuntu16.04(1) install python316.04 里面默认安装了python2.7 和3.5sudo update-alternatives –install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100sudo update-alternatives –install /usr/bin/python python /usr/b...
python2.7安装pytorch_PyTorch安装
weixin_34543510的博客
03-01 3334
这个系列写了好几篇文章，这是相关文章的索引，仅供参考：以下是相关深度学习工具包的安装，包括Tensorflow, PyTorch, Torch等：首先安装libcupti-devsudo apt-get install libcupti-dev然后用 virtualenv 方式安装 Tensorflow(当前是1.4版本)sudo apt-get install python-pip python...
python2.7环境下安装caffe、pytorch(cpuonly)
momentum30的博客
06-04 1917
以下步骤在ubuntu16.04、18.04中测试通过 Caffe对Ubuntu系统中python2.7支持是最好的，曾尝试在anaconda中 创建python2.7和Python3.7环境的方式安装caffe，最终都以失败告终。以下文档记录了在ubuntu16.04/18.04系统python2.7环境下安装caffe、pytorch(cpu only)的过程。 如下安装过程中： sudo apt源我使用的源是 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu pip安装过程中，
服务器配置python2.7+pytorch
Krystalyyy的博客
11-11 3688
服务器配置python2.7+pytorch 在github上面找到一个表情识别模型，想拿来跑一下试试，需要python2.7环境，配置了两天总是python版本和pytorch版本不对应导致安装失败，鼓捣了一天今天终于在服务器上配置好了需要的python2.7和python3.6环境，记录一下防止忘记。 环境 Windows 、Anaconda3 服务器连接 我是直接在windows cmd用ssh连接，没有图形化界面 方法：打开cmd, 输入ssh 你的账号@xx.xx.xx.xxxx(服务器地址) 创
安装python=2.7版本cuda 9.0+torch=0.4.0+torchvision=0.2.2
Rain_FeiFei的博客
02-19 1228
linux安装cuda9.0+torch=0.4.4+worchvision=0.2.2
> library(GEOquery) 载入需要的程序包：Biobase 载入需要的程序包：BiocGenerics 载入程序包：‘BiocGenerics’ The following objects are masked from ‘package:stats’: IQR, mad, sd, var, xtabs The following objects are masked from ‘package:base’: anyDuplicated, aperm, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rownames, sapply, saveRDS, setdiff, table, tapply, union, unique, unsplit, which.max, which.min Welcome to Bioconductor Vignettes contain introductory material; view with 'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'. 错误: package or namespace load failed for ‘GEOquery’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫‘GenomeInfoDbData’这个名称的程序包
最新发布
03-31
用户之前已经遇到了BiocManager安装的问题，现在可能是在安装GEOquery时依赖包没有正确安装导致的。 首先，我需要分析错误信息：“错误: package or namespace load failed for ‘GEOquery’ in loadNamespace...不...
【自用】R语言处理GEO转录组数据记录
weixin_62771643的博客
04-30 2975
下载R及R stidio后下载相应的生物数据处理包
eQTL分析入门课程：Docker镜像与RStudio实践指南
- **R语言在eQTL分析中的应用**：在R语言环境下，通过加载特定的包（如Biobase、limma、GEOquery等），可以执行eQTL映射、数据挖掘和统计测试等操作。 #### 5. 课程资源结构和使用方法 - **课程材料**：该存储库...
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XH生信和机器学习空间
04-22 4920
最近工作关系，需要重现一个文章的基因芯片数据分析，查找差异基因，花了一天时间跑了limma流程，供大家参考。 论文名字为 Identification of inflammatory mediators in patients with Crohn’s disease unresponsive to anti-TNFα therapy, 是三组之间的差异基因比较。想复现这个图： 我图省事，直接GEO数据库中下载了基因表达量的矩阵文件GSE52746_series_matrix.txt.gz, 直接从mat
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新建一个python环境 搭建pytorch
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R语言 4.2版本 在RGUI中安装Biobase包
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03-15 1095
首先安装BiocManager。安装后根据官网指示，在RGUI中输入指令即可。
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04-05 1475
救命！！！Python 2.7的环境下装了半天pytorch 都失败了。简直让人疯，结果看到一个博客写到，“pytorch 在Windows不支持Python 2.7版本”！！！！这这这这这，是我太垃圾了。
安装pytorch
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mjiansun的专栏
03-15 3万+
已经过时，可以参考官网自行安装https://pytorch.org/ 需要注明，官网稳定版本安装在https://pytorch.org/get-started/locally/ 之前的版本在https://pytorch.org/get-started/previous-versions/ （更新于2019年5月7日） =================================...
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