【自用】R语言处理GEO转录组数据记录

下载R及R stidio

R地址：R for Windows 4.1.3 Download for Windows / Old Versions / FileHorse.com

R stidio网址：Download the RStudio IDE - RStudio

下载BiocManager

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")

更换镜像，加速下载

中科大镜像：

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

清华镜像：

options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

安装R包：

BiocManager::install("edgeR")

BiocManager::install("GEOquery")

BiocManager::install("DESeq")

提示

提示版本不匹配

于是更新BioManager

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

提示

提示R版本太低

于是更新R

install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

提示

由于用的国内的镜像，更新未果，更换镜像，再次更新R的版本

updateR(fast=TRUE,cran_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

更新成功！！一定要在tools—global options里选择新的版本，重启R后 再次开始装包

更新BioManaer

BiocManager::install(version = '3.15')

更新DESeq

BiocManager::install("DESeq")

下载DESeq2，注意DESeq2依赖stringi包，并且stringi包在国内镜像网速没办法下载，不更换国内镜像，一直用之前的镜像就可以.(此处存疑，我应该是没有单独下载过stringi，难道是R4.2.0自带了？)

BiocManager::install("DESeq2")

先下载pbapply再下载DREAMSeq

BiocManager::install("pbapply")
BiocManager::install("DREAMSeq")

下载GEOquery,Biobase

BiocManager::install("GEOquery")

BiocManager::install("Biobase")

下载affy

BiocManager::install("affy")

下载ggstatsplot，tidyr，ggplot2，devtools

install.packages("ggstatsplot")

install.packages("tidyr")
BiocManager::install("ggplot2")
install.packages('devtools')

安装patchwork

install.packages("patchwork")

安装rio

install_formats()

安装tidyverse

if(!require("tidyverse")) install.packages("tidyverse",update = F,ask = F)

所有的包使用前先声明，例library(GEOquery)