R语言安装并使用Biobase包

最新推荐文章于 2024-11-04 21:13:32 发布

努力干活还不粘人的小妖精

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分类专栏： R RStudio 文章标签： R包安装

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本文详细介绍了在R环境中安装Biobase包的过程，包括解决安装Bioconductor及Biobase包时遇到的错误，如下载失败和找不到biocLite函数等问题。

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通常在R中安装包时，可以直接在控制台调用install.package()函数进行安装，但Biobase包比较特殊，属于Bioconductor的一部分，直接使用该函数安装会失败，需要首先安装Bioconductor，有的地方说使用命令source("http://bioconductor.org/biocLite.R")可以安装，但我在安装过程中出现了以下报错：Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
download from 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.28.0.tar.gz' failed ，同时出现了提示信息：'biocLite.R' failed to install 'BiocInstaller', use 'install.packages("BiocInstaller", repos="https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc")' or 'install.packages("BiocInstaller", repos="http://bioconductor.org/packages/3.6/bioc")'，此时按照提示信息进行操作，执行install.packages("BiocInstaller", repos="https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc")，即可成功安装。

安装之后有的地方说可以直接使用biocLite("Biobase")安装Biobase，但我再次遇到了报错信息：Error in biocLite("Biobase") : 没有"biocLite"这个函数，也就是找不到bioLite这个命令，此时需要对该函数进行限定，使用BiocInstaller::biocLite("Biobase")，即可成功安装Biobase.