使用R语言获取GEO表达数据

在生物信息学研究中，GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公共数据库，包含了大量的基因表达数据。通过使用R语言，我们可以方便地获取和分析这些数据，从而进行生物信息学研究。

首先，我们需要安装并加载GEOquery包，这是一个用于从GEO数据库中获取数据的常用工具。

install.packages("GEOquery")
library(GEOquery)

接下来，我们可以使用getGEO()函数来获取GEO数据。我们需要提供一个GEO数据集的访问号作为参数。例如，假设我们要获取GEO数据集GSE12345的表达数据，可以使用以下代码：

gse <- getGEO("GSE12345")

这将下载并存储GEO数据集GSE12345的相关信息和表达数据。我们可以通过pData()函数获取样本信息，通过exprs()函数获取表达数据。

# 获取样本信息
sample_info <- pData(gse)

# 获取表达数据
expression_data <- exprs(gse)