AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题

AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题

第一天
时间:AM9:00~9:50
内容:六.分子动力学入门理/论
教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
主要知识点:4分子力学简介
4.1分子力学的基本假设
4.2分子力学的主要形式
5分子力场
5.1分子力场的简介
5.2分子力场的原理
5.3分子力场的分类及应用
时间:AM10:00~10:50
AM11:00~12:00
内容:七.LINUX入门
教学目标：掌握数值计算平台，熟悉计算机语言，能够使用vim编辑器简单编辑文件。
主要知识点: 6LINUX 简介
6.1用户属组及权限
6.2目录文件属性
6.3LINUX基础命令
6.4LINUX环境变量
6.5shell常用命令练习
时间:AM11:00~12:00
PM14:00~14:50
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
内容:八.AMBER简介及安装
教学目标：了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。
主要知识点:7AMBER简介和安装
7.1GCC简介及安装
7.2Open MPI简介及安装
7.3AMBER安装运行
7.4LIUUX操作练习
第二天
时间：AM9:00~9:50
内容:九.研究对象模型获取
教学目标：如何确立研究对象，熟悉蛋白数据库的使用，如何对研究对象建模。
主要知识点：8模型文件的预处理
8.1模型来源简介
8.2蛋白文件简介
时间：AM10:00~10:50
AM11:00~12:00