Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题

第一天
时间:AM9:00~9:50
内容:一.从蛋白质折叠到蛋白质设计
教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。主要知识点
主要知识点:1蛋白质折叠与结构预测简介
1.1主链二面角与二级结构
1.2侧链堆积与三级结构
2蛋白质设计简介
2.1蛋白质设计的分类及应用
时间:AM10:00~10:50
AM11:00~12:00
内容: 二. Rosetta基础
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础
教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
主要知识点:3Pose/mover/scorefunction
4LINUX 入门命令
4.1用户属组及权限 目录文件属性
4.2LINUX基础命令 环境变量
4.3shell常用命令练习
4.4conda介绍

时间:PM14:00~14:50
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
内容: 四．结构扰动与结构优化
五．序列设计PackRotamer和FastDesign
教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
主要知识点:5Minmover, MC Mover, Fastrelax mover
5.1 Movemap
6RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天
时间:AM9:00~9:50
内容 :六. 蛋白-蛋白对接基础
教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
主要知识点:7Translat和rotation mover
7.1Low resolution的全局搜索
7.2High resolution的精细调整
7.3FoldTree

时间:AM10:00~10:50
AM11:00~12:00
内容 :七. 抗体设计
教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
主要知识点: 8抗体结构文件的处理
8.1PyIgClassify
8.2抗体抗原对接模型
8.3CDR区优化
8.4Framework区优化
案例实践：SSD和MSD设计任务

时间:PM14:00~14:50
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
内容: 八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用
教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
主要知识点: 9序列与结构设计
9.1Input和Output flags控制输入输出
9.2CleanAtom结构预处理
9.3ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons
9.4ResFile等辅助文件
9.5小改中改与大改
9.6练习答疑
案例实践：FastDesign设计任务
部分案例图示：