教你如何预测植物转录因子

最新推荐文章于 2024-07-19 11:38:39 发布
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版权

本文以FER（AT3G51550）植物蛋白为例

gene suquence：

GTTAACGCGTAGAGGGAAGCAACAATGCTTGTCCGTTTTGTCGTCGTCTTGACTATACTTACCTCTCCACTCATTAATTGATTTTCTCTCTCTCTCCCCCAAAATATCTCTGTCTTCTCCAAAAACTCTCTCCGATTTCATCGCTTAGGGTTTCTTCCCCGATTCTTCAGGTATGTAATCATCATCATCATCTTCCTCACTTCACTCTCCCTTACTACTGTATTCAAACTTCAATTTCATCTGTTTCTTAAGCTCAATTTTCGTAACCAAACGAACATGTACCTCTAGCACTTTCCATTTTTAGATCTGTGAAGTTTATAGTTTCGATTTTCTTTCGTTTGATAGATCTGAGAAGAAGATCTTCCCGGAGAAGTGCTCTTGATCGATGAAGATCACAGAGGGACGATTCCGTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCATATCTGCAGCAACTTTAATCTCAGCTGCTGATTACTCTCCAACAGAGAAAATCCTATTGAATTGCGGTGGTGGTGCTTCTAATCTAACCGACACAGATAACCGTATATGGATCTCCGATGTCAAATCAAAATTCTTATCATCTTCCTCTGAAGACTCTAAAACATCACCAGCGTTAACACAAGATCCTTCCGTTCCCGAAGTTCCTTACATGACGGCGAGAGTTTTCCGATCTCCTTTCACTTACACTTTCCCTGTAGCATCAGGTCGTAAATTCGTGCGTCTCTACTTCTACCCAAACTCGTACGACGGTCTCAACGCTACCAACTCGTTATTCTCCGTCTCCTTTGGTCCTTACACTCTTCTCAAGAATTTCAGTGCTTCTCAGACGGCGGAGGCGTTGACTTACGCTTTCATCATCAAGGAGTTTGTTGTCAACGTTGAAGGTGGAACGTTGAACATGACGTTTACACCGGAATCAGCTCCGTCTAATGCGTATGCGTTTGTTAATGGGATTGAGGTTACTTCAATGCCTGATATGTATAGTAGTACTGATGGGACTTTGACTATGGTTGGATCATCTGGCTCTGTTACTATTGATAACAGTACTGCTCTTGAGAATGTGTATAGGCTCAATGTTGGAGGGAATGATATCTCGCCTTCCGCGGATACGGGTTTGTATAGGTCGTGGTATGATGATCAGCCTTATATATTTGGTGCAGGACTTGGTATTCCAGAGACTGCTGATCCCAACATGACGATTAAGTATCCTACGGGGACTCCTACTTATGTTGCTCCTGTGGATGTTTATTCAACCGCGAGGTCTATGGGTCCAACAGCTCAGATCAATCTCAACTACAATCTTACTTGGATTTTCAGCATTGACTCTGGTTTCACTTACCTTGTTAGACTTCATTTCTGTGAGGTTTCTTCGAATATCACTAAGATCAACCAACGGGTGTTTACAATCTACCTCAACAATCAAACTGCTGAGCCTGAAGCTGATGTGATTGCTTGGACTAGTTCAAACGGGGTTCCGTTTCACAAGGATTACGTGGTGAATCCTCCAGAGGGAAATGGACAGCAAGATTTGTGGCTTGCTCTTCATCCTAACCCAGTTAACAAGCCGGAGTATTATGATTCTCTTCTTAATGGAGTGGAGATATTCAAGATGAATACTTCTGATGGTAATCTGGCTGGTACCAATCCTATACCTGGTCCACAGGTGACTGCTGATCCATCTAAAGTCCTACGCCCGACTACTAGGAAATCGAAAAGCAATACGGCTATTATTGCAGGCGCAGCCAGTGGTGCAGTTGTTCTGGCCCTTATCATTGGGTTTTGTGTGTTTGGTGCTTACCGCAGACGTAAGCGTGGTGATTACCAGCCTGCTAGTGATGCAACATCAGGGTGGCTTCCACTATCTCTGTATGGAAACTCACATTCTGCTGGCTCGGCGAAGACAAACACAACAGGAAGTTATGCCTCGTCCCTTCCGTCAAATCTTTGCCGTCACTTCTCGTTTGCTGAGATCAAAGCTGCCACTAAAAACTTTGATGAGTCCCGGGTGCTTGGTGTTGGTGGTTTCGGCAAGGTTTACAGAGGAGAGATTGATGGCGGAACTACAAAGGTAGCCATCAAGAGAGGCAACCCAATGTCCGAGCAAGGTGTACATGAGTTCCAGACTGAGATTGAAATGCTTTCAAAGCTTAGACATCGTCATCTTGTGTCCTTGATTGGATACTGTGAAGAGAACTGCGAAATGATCTTAGTCTATGATTACATGGCTCATGGTACAATGAGGGAGCATCTCTACAAAACCCAGAATCCTTCTCTTCCATGGAAGCAACGTCTTGAGATATGCATTGGAGCAGCCCGAGGTTTACACTATCTACACACTGGTGCAAAACACACAATCATCCATAGAGATGTGAAGACAACAAACATTCTATTGGATGAGAAATGGGTGGCCAAGGTCTCTGATTTTGGTCTATCGAAGACTGGTCCTACACTAGACCACACACACGTAAGCACAGTTGTGAAAGGAAGTTTCGGTTATCTTGACCCAGAGTATTTCAGACGGCAGCAACTGACTGAGAAATCCGATGTCTACTCCTTTGGCGTTGTTCTATTCGAAGCTCTATGCGCTCGTCCAGCCTTGAACCCAACACTTGCAAAGGAACAAGTGAGCTTAGCTGAGTGGGCACCATACTGCTACAAGAAAGGCATGCTAGATCAAATCGTTGATCCCTACCTCAAGGGCAAGATCACACCAGAATGCTTCAAAAAGTTTGCTGAAACCGCGATGAAGTGTGTTCTAGACCAGGGCATTGAGAGACCATCAATGGGAGATGTTCTGTGGAACTTAGAATTTGCGTTGCAGCTCCAGGAAAGCGCAGAAGAGAACGGAAAAGGAGTATGCGGTGACATGGACATGGATGAGATTAAGTACGATGATGGAAACTGTAAAGGAAAGAACGACAAGAGTTCTGATGTGTATGAAGGGAATGTGACGGACTCGAGGAGCAGTGGAATAGATATGAGCATCGGTGGTAGGAGTTTGGCCAGCGAAGATTCAGATGGACTCACTCCAAGTGCTGTGTTTTCTCAGATCATGAATCCAAAGGGACGTTAGAGAAGTCTTATAACACGGTACAACACTACTACCTTTCTAAACCGGCTCCATCCAAAGGAGACCGGTTCGTTTCTCTTTTTTATATTTTTTTTCCTCTTAACTATTTATTATTATTCTCTTTGCTGTTATTTATTTAGAATTTTGGATTTGTGTATTTGATGCCACGATGGAGAGTGTAAAAAATAATGTATTTTTTTTTCTTCTTTCTACAAAAACATTAAACATGAATCGCGTCAATGTACTATTTGGTTTGTTATCTATAACGTTTTTGGTAATTGTTGCATCTTTACTCT

启动子选为gene上游2k序列（19120950 - 19122949）：

CCTCGACCAAGGCTGCCATCTTCAAGTTTACATGGCTTGGTCCCAAGATTTTATGCCCTAGTATCTTTATCCCTCTTCAATGCATCCTTGATGCATATACCGGAAGAGATTTGTTCCTTGCCTTCAGTAGTGCTGTTGGATCTTGGTCGGAATGGTTTCAGCAAAATCCCTGAAAGCATAAAGCAGTTATCTAAACTACATAGCCTTAGATTAAGACATTGTAGAAACCTCATATTGCTTCCGGCGCTTCCCCAAAGCCTGAAACTGTTGAACGTGCATGGTTGTGTGTCTCTAGAGTCAGTTTCTTGGGGATTTGAGCAGTTTCCTAGTCATTACACCTTCAGCGATTGCTTCAATAAGTCTCCAAAAGTGGCTAGAAAACGAGTTGTAAAAGGCCTGGCTAAAGTAGCAAGCATTGGCAACGAACATCAGCAGGTAACTCTCTCGTTCTCATGTCCCTTCTTTCTCACTCATACATACTTTAGCGTATATGTAATTTTCCTTTTTCTTGTTGGGACCAGGAACTCATCAAAGCACTTGCATTCAGCATTTGCGGGCCTGCAGGAGCAGATCAGGCAACCTCTTATAATTTGCGGGCAGGTTCATTTGCAACGATAGAGATAACTCCTTCCCTGCGAAAGACACTCTTGGGGTTTGCTATCTTCGTTGTAGTATCGTTTTCGGATGATAGTCACAACAACGCTGGGCTTGGCGTTAGGTGCGTAAGCAGATGGAAGACAAAGAAAAGGGTGGTCACTGGTAAAGCAGAGAAAGTGTTTAGGTGTTGGGCTCCGAGAGAAGCTCCTGAGGTTCAAAGGGATCACATGTTTGTGTTTTATGAGGATGCCGAAATGCATCGAGGTGGTGGTGAGGGAAACAAACCAAATATAATGGCTGATCACGTTGAATTTGAATTCCAAGCAGTAAATGGAAGAAACAAGGTCTTAGGCGGTAATTGCATGGTGACAGAATGTGATGTTTGTGTTATAACAGCTGCAACTGGTGCGGCGAGTCTGAGTGTAACAAATGCAAGTAAGGATATGAGTTTAAGTAAGAATCATTCTCCGAAGCTTTCAAGTGTGATTGGTAAGCTTCGATTTAAGCGAGTTGGTAGGTTTGGTGGTTGTGTTTGCCTAGAGTGAAGAAAAGTTAAGAGTGGGAACTGGGAAGAGTGTATGTATGTGACTCGTCTCATGCGTGCCCAAATGCGAAGTAGCAGAAACATGTATGTTTGAAATGTAATTTTTATTATTTAAAATTGGCATAAACAAAAAAAAATGTGTTGTCTGAAAGAGAATTAATGATATGTTAATGTAAATATTTAGTGCATGTTTGATGTAATGGTTTAAAGTTTTATTTTATTTTGAAAGACTGAGAAAACAAGGATCACAAACTCTGTTTTGAATCAAGAAGGTGTAGACCAAAAAAATTGCACACGTTCGGCCTTAACCACGGTTTATTTGTATTCAAGGTTACTTGGATTTGACATCGGAGATCAAGGTTACTCCTTACCTTAGACATGATCGATCAAAAGGAGGCTACGCCGATTGTCATAAACATATATCATGTGCACGTTAGATAAGGCCCACTTATAACTGGGCCATAGGAGATAAACTGAAATCAGAGTAAAAAGCCCATGATTACGTAAACTATCCTAACTAACTAACGAGTTATTATCAAAGCAGGCCCCATTCTTTCCCTTTATAGTATAATATAGAGTACCAGCTCAGCCACGAGCAGTCACCACCGCACACAAAAATACGCGTTTCATAAAATTCTCTTGTCTTTTCTTTAGTTTAATGGATTTACTCTCTCACATTTTATGAACTGTCATCCAAACCATACCAATCAACATTATCCTTCGAATGGTCAAGACATATATAATTCCAGCTGTTGATACTCAAAGGTCATTATCGTCACTTCACCCACCTTCAAGCCGGCTTCAATTAATTAAACCCGATAACTATATCTTAATTTAATCTTATTGAAATTAAAATAAC

1. 使用的预测网站：PROMO

(https://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3)

根据步骤选取物种
这里选取拟南芥物种，所以这里选择：embryophyta

在这里插入图片描述
预测结果图如下：

在这里插入图片描述

在容错率 0% 的情况下找到一下5个可能结合的转录因子：
0 MYB2 [T02536]
1 HSF1 [T04394]
2 TRM1 [T05311]
3 PBF [T02693]
4 Alfin1 [T04733]

2. 使用的预测网站：PlantRegMap

https://plantregmap.gao-lab.org/binding_site_prediction_result.php
在这里插入图片描述

选取物种类型，输入启动子序列，在Threshold p-value ≤ 1e-7下，结果如图：MYB
在这里插入图片描述

在Threshold p-value ≤ 1e-6 下，结果如图：

  1. ERF
  2. GATA
  3. MYB
  4. Trihelix
    在这里插入图片描述
Bio_Wayne
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