转录因子预测的网站有比较多,本着实用至上的原则,今天以人的“转录因子SPI1”和“FAU的启动子“为例给大家简要介绍如何利用"JASPAR"网站预测转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS):
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点击如下链接,打开JASPAR数据库
https://jaspar.genereg.net/ -
在检索框内输入需要预测的转录因子名称“SPI1”;并点击“Advanced Options”,进行数据库、物种等参数设置,(由于参数的设置并非必须,为了便于操作,以默认的参数进行后续预测):如下图:
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点击“Serch"键,检索转录因子的结合序列:
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勾选需要用来进行预测的ID(可以把人的“SPI1”项全部选上),并点击右侧“Scan"选项,输入启动子序列: