2021-04-06

FSL的TBSS工具联系记录

这是原作者的博文
我有一个FSL工具较好的介绍PDF，会再评论区分享
本文仅为实验记录。有错请指出。
这个实验用的是标准的配准方法，输出一样的命令就可以了，不用改。
**note：TBSS的分析结果可以用于初学者练习，结果的解释可能要结合结构信息。
实验环境：Linux终端中的fsl工具
实验目的：对DTI的FA图像进行类间分析，找出两类FA不同的体素。
实现步骤/流程图：
数据：一定要有两类,本实验用3个CN，3个PD
1）首先将样本的FA.nii.gz都放在一个TBSS文件下。在本文件夹下打开FSL终端。

命令：tbss_1_preproc .nii.gz
功能：腐蚀FA图像，并将末端切片归零，去除FA中的异常值（有图片移动产生的）
结果：FA文件（处理后 FA），origdata子目录（原始FA），slicesdir（创建概述型网页，包含每个图形像的静态图）


2）用TBSS用所有FA数据生成非线性配准需要的mask和target文件
命令：tbss_2_reg -T
功能：利用非线性配准，将FA图像配准到11*1mm的标准空间，配准图像选软件自带FMRIB58_FA的均值FA图像及其派生骨架。
结果：target，mask文件，用于下一步配准

3）将FA配准到标准空间。
命令：tbss_3_postreg -S
功能：配准
结果：status文件：all_FA文件（所有4DFA图像），mean_FA(所有FA均值),mean_FA_skeleton(骨架化mean_FA)
打开fslview查看4D图像是否与骨架对齐

4）准备所有FA数据投影到平均FA骨架上的文件
命令：tbss_4_prestats 0.2
结果：生成2进制骨架mas，distance map（投影FA到骨架上），all_FA_skeletonised骨架化的4DFA文件

5）骨架化FA数据的体素统计
功能：用骨架化的4DFA文件进行组间体素分析，显示两组样本在哪些体素上存在显著差异。
命令：cd …/stats
design_ttest2 design 3 3
randomise -i all_FA_skeletionised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con -n 500 --T2

FSL更新了，原文的查看结果命令可能没有，可以自己在fsleyes里查看。