Li‘s 核磁共振影像数据处理-19-FSL界面可视化操作介绍

讲解视频内容请移步Bilibili：
https://space.bilibili.com/542601735
入群讨论请加v hochzeitstorte
请注明“核磁共振学习”
公众号：美好事物中转站

FSL界面

BET- Brain Extraction 大脑提取

脑提取工具(BET)从整个头部的图像中删除非脑组织。如果有质量良好的T1和T2输入图像，它还可以估计颅骨内外表面和头皮外表面。
大脑和非大脑组织分割，配准、分割等预处理步骤。

图片引用自https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/BET

SUSAN 非线性降噪
SUSAN降噪使用非线性滤波来降低图像(2D或3D)中的噪声，同时保留底层结构。它通过使用具有相似强度的局部体素平均值来代替某一体素。

FAST- FMRIB’s Automated Segmentation Tool 组织自动分割
FAST (FMRIB的自动分割工具)将大脑的3D图像分割成不同的组织类型(灰质，白质，脑脊液等)，同时校正空间强度变化(也称为偏置场或射频不均匀性)。该方法基于隐马尔科夫随机场模型和相关的期望最大化算法。整个过程是完全自动化的，还可以产生偏场校正输入图像和概率和/或部分体积组织分割。与大多数基于有限混合模型的方法相比，该方法对噪声敏感，具有较强的鲁棒性和可靠性。

MELODIC ICA- Multivariate Exploratory Linear Optimized Decomposition into Independent Components
MELODIC 3.0使用独立成分分析(ICA),将单个或多个4D数据集分解成不同的空间和时间成分。对于ICA组(ICA group)分析，MELODIC要么使用张量独立分量分析（TICA，其中数据被分解成空间图（spatial maps）、时间序列（time courses）和被试/会话（subject/session modes）模式），要么使用更简单的时间连接方法。MELODIC可以识别不同的激活和伪成分，而无需指定任何明确的时间序列模型。

FDT- FMRIB’s Diffusion Toolbox
FDT是一款用于分析扩散加权图像（DWI）的软件工具。
FDT包括数据预处理、局部扩散建模和纤维追踪成像。FDT的每个阶段都是分开运行的。用户界面提供的主要功能包括:
Eddy current & motion correction / Outlier detection- 用于涡流校正、运动校正和奇异值识别
BEDPOSTX- 用于扩散参数的局部建模
PROBTRACKX- 用于纤维追踪成像和基于连接的分割
dtifit- 用于扩散张量的局部拟合

POSSUM- Physics-Oriented Simulated Scanner for Understanding MRI
POSSUM是一款能够生成逼真的模拟MRI和FMRI图像或时间序列的软件工具。POSSUM包括用于脉冲序列生成、信号生成、噪声添加和图像重建的工具。

FSLeyes/FSLView
交互式显示工具。

FSLeyes界面