TCGA组织切片图像下载

现在已经打不开之前的1.0版本的官网了，所以记录一下2.0版本的操作过程

1、选择自己想下载的组织

选择yes，即可跳转到这个组织的内容下：

2、选择上面的Repository，进一步筛选需要的文件格式

一般选择这个Tissue Slide就够了

3、选择自己需要的数据，加入购物车

4、在购物车选择下载Cart，就是组织切片图像了

还有一些其他格式的数据可以下载，在右边的Download Associated Data里面，按需选择

如果使用GDC Data Transfer Tool,则需要选择Manifest

5、建议使用 GDC Data Transfer Tool 批量下载数据

GDC Data Transfer Tool 下载地址:

GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons

可以下载UI界面的,操作起来比较简单,有官方文档供参考数据传输工具 UI 文档 - GDC Docs

在使用过程中,可能会遇到下载失败的情况,请参考用GDC Data Transfer Tool下载TCGA数据集Failed问题_gdc client下载tcga cart数据显示部分下载是什么原因-CSDN博客

亲测好用!

更新第二种下载数据的方式！

传到服务器上跑，嘎嘎快

1、在GDC Data Transfer Tool中下载Ubuntu版本的GDC Data Transfer Tool Client

2、上传到服务器中，在终端进行解压

unzip XXX.zip

最终会解压出一个gdc-client的文件夹

3、在TCGA官网下载自己需要的数据的Manifest文件

4、执行命令

./gdc-client download -m 所需数据的Manifest文件 -d 数据保存路径

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有个疑问

请问我应该如何获取每个样本对应的标签呢？他们所属的癌症类别是什么？

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2025/4/28 

时隔四个月，又要用到这个数据库了，再记录一下最近的新发现

在首页的projects中可以选择Data Category，里面的clinical是临床信息，包括病人的一般情况、诊治情况、TNM分期、肿瘤病理、生存情况等。

感觉很有可能包含患者切片的MSI状态以及肿瘤分期等信息！

选择TCGA数据库以及自己需要的研究部位,可以看到:

其中,Disease Type是疾病类型/肿瘤类型,可以看到COAD细分为四种;Primary Site是肿瘤的原发部位,表示肿瘤是在什么部位发现的。一般选择默认配置就可以，但是也可以进一步筛选

好吧，我还是没找到MSI状态在哪里，打算试试R语言了