iPHoP:病毒宿主预测

本文介绍了如何在Bitbucket环境下通过Conda创建并激活特定Python版本的环境,然后使用Mamba安装iPHop依赖。详细步骤包括设置conda环境、下载数据库、以及进行基因预测操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Bitbucket

安装 

conda create -c conda-forge -n iphop_env python = 3 .8 mamba 
conda activate iphop_env 
mamba install -c conda-forge -c bioconda iphop
iphop -h

下载数据库 

iphop download --db_dir path_to_iPHoP_db
#解压
iphop download --db_dir path_to_iPHoP_db --full_verify

使用

iphop predict --fa_file ${i} --num_threads 180 --db_dir /home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/database/iPHop/Aug_2023_pub_rw/ --out_dir ${num}_iPHoP

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