固定类似化合物公共结构的取向，方便比较差异

在我们想比较多个具有子结构的化合物的差异时，由于分子结构图的取向不同，会带来观感上的不便，例如下面这4个结构都含有吡咯并嘧啶（c1nccc2n1ccc2）的子结构， 但是在图片上他们的子结构取向不一致，不便于比较他们的结构。 我们可以采用模板绘制法，固定公共子结构的取向。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
smis=[
    'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=S)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3',
    'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F',
    'CCN(CC1=C(C=CC(=C1)C(F)(F)F)C2=CC(=C3N2C=NC=C3)CC(=O)O)C(=O)C4CC4',
    'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1',
    ]
mols=[]
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mols.append(mol)
img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(180,200),legends=['' for x in mols])
img

 

template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')#公共子结构
AllChem.Compute2DCoords(template)
mols=[]
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    AllChem.GenerateDepictionMatching2DStructure(mol,template)#模板绘制法，固定公共子结构的取向
    mols.append(mol)
img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(180,200),legends=['' for x in mols])
img

 输出的img中，公共子结构的取向一致。可以很清楚地比较各个官能团的差异。

---

总结，下次遇到一系列具有公共子结构的smi文件想美观地表示，直接用代码固定子结构取向：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
smis=[
    'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=S)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3',
    'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F',
    'CCN(CC1=C(C=CC(=C1)C(F)(F)F)C2=CC(=C3N2C=NC=C3)CC(=O)O)C(=O)C4CC4',
    'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1',
    ]
template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')#公共子结构
AllChem.Compute2DCoords(template)#模板绘制
mols=[]
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    AllChem.GenerateDepictionMatching2DStructure(mol,template)#固定公共子结构的取向
    mols.append(mol)
img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(180,200),legends=['' for x in mols])
img

 

---

相关参考链接：

基础教程 — RDKit 中文教程 2020.09 文档http://rdkit.chenzhaoqiang.com/basicManual.html#d