BLAST instaliiation
直接下载编译好的balst,加入 PATH
导入PATH,使其在任何terminal中均可使用
export PATH=$PATH:your directory/ncbi-blast-2.9.0+/bin
cd ~
vim ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile
使用命令
建立数据库
makeblastdb -in SRR5799563.fasta -out SRR9563db -parse_seqids -dbtype nucl
makeblastdb -in all.contig -out kpn_contigdb -dbtype nucl
进行blast
参数
- -query:输入序列名称
- -out:输出结果名称
- -outfmt:以格式6输出结果,后面自定义输出的条目
- -max_target_seqs:每条序列最多匹配多少个结果
- -num_thread:用多少线程
blastn -db ./database/SRR9563db -query hrpt.fa -out hrpt.blastt -outfmt 6 -max_target_seqs 1000000 -num_threads 15
blastn -db kpn_contigdb -query kpc2.fa -out kpc2.blast -evalue 0.01 -num_threads 15 -outfmt "6 qsedid qacc sseqid sacc evalue qstart qend sstart send length pident qcovhsp"
NCBI SRAtools
- 下载和解压工具
wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
cd sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/
cd bin
- 下载sra文件并生成fastq reads文件
参数
- -split-files:把pair-end测序分成两个文件输出
- -I :打印read 1和2 的后缀(Produces two fastq files (–split-files) containing “.1” and “.2” read suffices (-I) for paired-end data.)
- -fasta 只输出fasta格式
./prefetch -p 1 SRR5799563 # 下载sra文件
~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump -I --split-files SRR390728 #
~/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64/bin/fastq-dump --fasta SRR5799563.sra
SRA fastq 编辑用于 BWA MEM 比对
sra 生成的read1和reads2后缀可能bwa不能识别,需要修改序列名字
awk 'BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' s1test4k_1.fq >s1_awk_1.fq
awk ‘BEGIN{OFS=FS="."}{if (FNR%4==1) print $1":"$2; else print $0}' SRR6037659_2.fastq>../mapping/s1/s1_awk_2.fq