AutoDock Vina与LeDock对接口袋参数文件互转

AutoDock Vina与LeDock对接口袋参数文件互转

1. AutoDock Vina与LeDock简介

AutoDock Vina 是一个用于进行分子对接的开源程序。它最初是由分子图形实验室（现为CCSB）设计和实现。与 AutoDock 4 相比，AutoDock Vina 显着提高了结合模式预测的平均准确度和对接速度。受到X-Score启发，其打分方程是一种混合函数（经验+基于知识的函数）。

LeDock是苏黎世大学ZHAO Hongtao博士开发的一款分子对接软件，在构象搜索和打分方程中均呈现出优势。LeDock采用模拟退火-遗传算法交叉的算法进行构象搜索，对接打分涵盖范德华相互作用（vdw），静电相互作用（Coulombic interaction），氢键贡献（Hbond）以及分子间(inter-)和配体分子内(intra-)的冲突(clash)几项的和做为打分方程。

2. AutoDock Vina与LeDock口袋参数

2.1. AutoDock Vina口袋参数：vian.in

receptor=5tf9_pro.pdbqt
center_x=21.408
center_y=12.224
center_z=8.102
size_x=22.374
size_y=16.942
size_z=22.009

2.2. LeDock口袋参数：dock.in

Receptor 5tf9_pro.pdb

RMSD
1.0

Binding pocket
11.67 33.078
10.83 23.054
17.958 26.06

Number of binding poses 20

Ligands list ligands

END

2.3 口袋选取原理（基于配体）

以小分子配体为中心，向外扩展一定距离（extending）形成的口袋位置。首先获取小分子的坐标后取得X/Y/Z的最大（max）、最小值（min），然后用最小值减去扩展距离、最大值加扩展距离。LeDock对接软件的口袋参数文件如2.2中所示，在Binding pocket行后的三行中，以最终加减过扩展距离后X/Y/Z各自的“最小值 最大值”定义了最终的口袋大小。而AutoDock Vina是在此基础上对最大值和最小值进行换算获得最终的Size和Center值。如下面图片来自GetBox-PyMOL-Plugin。

a. LeDock对接口袋计算原理

minX = minX - float(extending) 
minY = minY - float(extending)  
minZ = minZ - float(extending)  
maxX = maxX + float(extending)  
maxY = maxY + float(extending)  
maxZ = maxZ + float(extending)  

b. AutoDock Vina对接口袋计算原理

SizeX = maxX - minX
SizeY = maxY - minY
SizeZ = maxZ - minZ
CenterX =  (maxX + minX)/2
CenterY =  (maxY + minY)/2
CenterZ =  (maxZ + minZ)/2

3. AutoDock Vina口袋参数文件转换为LeDock

3.1 转化命令

python vina2ledock.py vina.in

3.2 转化脚本vina2ledock.py

import sys
with open(sys.argv[1], 'r') as f:
    pocket = f.readlines()
    receptor_QT=pocket[0].split('=')[1]
    receptor=receptor_QT.split('qt')[0]
    center_x=pocket[1].split('=')[1]
    center_y=pocket[2].split('=')[1]
    center_z=pocket[3].split('=')[1]
    size_x=pocket[4].split('=')[1]
    size_y=pocket[5].split('=')[1]
    size_z=pocket[6].split('=')[1]
f.close()
max_x=float(center_x)+float(size_x)/2
min_x=float(center_x)-float(size_x)/2

max_y=float(center_y)+float(size_y)/2
min_y=float(center_y)-float(size_y)/2

max_z=float(center_z)+float(size_z)/2
min_z=float(center_z)-float(size_z)/2

with open('./dock.in','w+') as file_out:
    print('Receptor\n{}'.format(receptor), file=file_out)
    print('\nRMSD\n1.0\n\nBinding pocket', file=file_out)
    print('{}'.format(round(min_x,3)), '{}'.format(round(max_x,3)), file=file_out)
    print('{}'.format(round(min_y,3)), '{}'.format(round(max_y,3)), file=file_out)
    print('{}'.format(round(min_z,3)), '{}'.format(round(max_z,3)), file=file_out)
    print('\nNumber of binding poses\n20\n\nLigands list\nligands\n\nEND', file=file_out)
file_out.close()

4. LeDock口袋参数文件转换为AutoDock Vina

4.1 转化命令

bash docktovian.sh dock.in

4.2 转化脚本docktovian.sh

#!/bin/bash
rcpt=`cat $1 |grep -i -A 1 "Receptor"`
rcpt_name=`echo ${rcpt}|awk {'print $2'}`
echo "receptor = " ${rcpt_name}qt

bdst=`cat $1 |grep -i -A 3 "Binding pocket"`
min_x=`echo ${bdst}|awk '{print $3}'`
max_x=`echo ${bdst}|awk '{print $4}'`
min_y=`echo ${bdst}|awk '{print $5}'`
max_y=`echo ${bdst}|awk '{print $6}'`
min_z=`echo ${bdst}|awk '{print $7}'`
max_z=`echo ${bdst}|awk '{print $8}'`

center_x_1=`expr ${max_x%.*} + ${min_x%.*}` 
center_x=`expr ${center_x_1} / 2`
echo center_x = ${center_x}

center_y_1=`expr ${max_y%.*} + ${min_y%.*}`
center_y=`expr ${center_y_1} / 2`
echo center_y = ${center_y} 

center_z_1=`expr ${max_z%.*} + ${min_z%.*}`
center_z=`expr ${center_z_1} / 2`
echo center_z = ${center_z} 

size_x=`expr ${max_x%.*} - ${min_x%.*}`
echo size_x = ${size_x}

size_y=`expr ${max_y%.*} - ${min_y%.*}`
echo size_y = ${size_y}

size_z=`expr ${max_z%.*} - ${min_z%.*}`
echo size_z = ${size_z}