【无标题】

目录

多组学简介

基因组学

全基因组测序(WGS) 的定义

WES仅是对外显子区域的测序

转录组学

空间转录组

表观组学

甲基化

单细胞ATAC.seq

蛋白组学

免疫组化

流式细胞术


多组学简介

基因组学

生物的主要遗传物质是DNA,细胞或生物体中一套完整的遗传物质的总和称为基因组。DNA是由外显子(Exon)和内含子(Intron)组成。外显子只占基因组的1%左右,指导体内所有蛋白的合成。内含子不编码蛋白质的合成,但绝不是无用的序列,其可以影响基因的活性和蛋白的表达。

全基因组测序(WGS) 的定义

全基因组测序(WGS, Whole Genome Sequencing)是下一代测序技术,用于快速,低成本地确定生物体的完整基因组序列。其目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列。

全基因组测序,即是对生物体整个基因组序列进行测序,可以获得完整的基因组信息。

WES仅是对外显子区域的测序

外显子(人类基因组的蛋白质编码区)占基因组的不到2%,但含有约85%的已知疾病相关变异体。

相比全基因组测序,外显子测序更为简便,测序成本相比也会更低,测序后数据的分析也更为简单。另外如果仅关注已知的基因,可以更依赖于靶向测序。

但其实这些技术其实都是在找基因组上的SNP(单核苷酸多态性),主要分为四种:

(1)SNV(单核苷酸变异):包括同义突变和非同义突变。

(2)InDel(插入缺失)

(3)SV(结构变异):包括50bp以上的长片段序列插入或者删除(Big Indel)、串联重复(Tandem repeate)、染色体倒位(Inversion)、染色体内部或染色体之间的序列易位(Translocation)等等

(4)CNV(拷贝数变异)

转录组学

转录组是某个物种或特定细脃类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体的水平研究基因的功能以及基因的结构,

空间转录组

最近,空间转录组学研究炙手可热。

细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。

空间转录组学是一项开创性的技术,它使科学家能够测量组织样本中的所有基因活性,并绘制出发生该活性的位置的图。该技术已经导致了新发现,这些新发现将有助于帮助科学家更好地了解生物过程和疾病。

表观组学

几十年来,DNA一直被认为是决定生命遗传信息的核心物质,但是近些年新的研究表明,生命遗传信息从来就不是基因所能完全决定的,比如科学家们发现,可以在不影响DNA序列的情况下改变基因组的修饰,这种改变不仅可以影响个体的发育,而且还可以遗传下去。

这种在基因组的水平上研究表观遗传修饰的领域被称为“表观基因组学(epigenomics)”

甲基化

DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式,与组蛋白修饰等方式一起,在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。通常地,甲基化DNA指5-甲基胞嘧啶(5mC),它是在DNA甲基转移酶(DNMT)的作用下将甲基基团添加到胞嘧啶的5’C位置上形成的(Vertino PM, 1996)。哺乳动物细胞中甲基化主要发生在CG双核苷酸的胞嘧啶上(Goldberg AD, 2007),植物细胞中则存在很大比例的non-CG(CHH、CHG,H代表A、C、T)甲基化(Jackson JP, 2002)。

概念:DNA甲基化是一种重要的表观遗传,是指DNA被化学小分子修饰的一种方式,即甲基(-CH3)共价结合到脱氧核糖核苷酸上,可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。

DNA甲基化的作用: 被甲基化修饰的CpG是基因沉默的标记,抑制基因的表达。两个假说:

① 在启动子和增强子区域的胞嘧啶甲基化可以阻止转录因子与调控原件结合

② MeCP(mCpG结合蛋白)与mCpG结合后,可招募组蛋白去乙酰化酶使染色质收缩。

单细胞ATAC.seq

一文带您全方位了解单细胞ATAC-seq - 知乎

蛋白组学

免疫组化

免疫组化,是应用免疫学基本原理——抗原抗体反应,即抗原与抗体特异性结合的原理,通过化学反应使标记抗体显色剂荧光素、酶、金属离子、同位素)显色来确定组织细胞内抗原(多肽和蛋白质),对其进行定位、定性及相对定量的研究,称为免疫组织化学技术(immunohistochemistry)或免疫细胞化学技术(immunocytochemistry)。

流式细胞术

【实验技术学习笔记】流式细胞术(Flow Cytometry) - 知乎

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