基因组测序 转录组测序

详见 【生信技能树】转录组测序数据分析_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili
https://www.bilibili.com/video/BV12s41137HY?p=3

实验设计

    

     

从高通量RNA测序数据研究剪接的方法

DOI：10.1007 / 978-1-62703-980-2_26

盖尔·P·阿拉曼科斯（Gael P. Alamancos），埃内里兹·阿吉尔（Eneritz Agirre），爱德华多·埃拉斯（Eduardo Eyras）

全文   引用本文   添加到我的图书馆

抽象：

RNA（RNA-Seq）的新型高通量测序（HTS）方法的开发提供了一种非常强大的手段，可以以前所未有的深度研究多种条件下的剪接。

但是，要分析的信息的复杂性使这成为一项具有挑战性的任务。在过去的几年中，已经开发了许多工具，使研究人员能够处理RNA-Seq数据，以研究同工型的表达和剪接事件以及它们在不同条件下的相对变化。我们提供了可用于从短RNA-Seq数据研究剪接的方法的概述。

我们根据方法要解决的不同问题将方法分组：

1）将测序读段分配给其可能的起源基因。这可以通过将读段映射到基因组和/或可用的基因注释中的方法来解决。

2）恢复剪接事件和同工型的序列。成绩单重建和从头汇编方法解决了这一问题。

3）定量事件和同工型。在重建转录本或使用注释后，许多方法都可以估算表达水平或同工型和/或事件的相对用途。

4）提供差异剪接或表达的同种型或事件视图。这些方法包括比较两个或多个条件下相对事件/同工型丰度或同工型表达的方法。

5）可视化拼接规则。在替代剪接的情况下，各种工具有助于可视化RNA-Seq数据。

在这篇综述中，我们没有描述每种方法背后的特定数学模型。我们的目标是为需要确定适合特定分析工具的用户提供概述。

我们还尝试根据工具的操作对工具进行分类，以方便比较和选择方法。