如何使用Discovery Studio建立配体分子库？

最新推荐文章于 2024-07-28 19:10:22 发布
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问了，教程里面没找到，最近在做一个大创项目《基于蛋白cereblon的新型抗骨髓瘤药物的理论设计与优化》，所以该如何建立跟蛋白质cereblon有关的配体库呢？

 

 

晃阳
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Discovery Studio 基本操作
weixin_68915201的博客
02-03 3673
DiscoveryStudio是基于 Windows/Linux 系统的分子模拟和药物设计软件。服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，主要应用于蛋白质结构功能研究、药物发现、酶工程、食品学、环境毒理研究等研究领域。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的环境，为科学家提供易用计算模拟工具，助力生命科学领域研究，降低研发成本，缩短研发周期，提高研发效率，解释实验现象。
如何使用Discovery Studio进行反向找靶
IMATSOFT的博客
11-10 891
反向找靶又被叫做靶点垂钓（Target Fishing）目前，通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法：反向分子对接（Inverse Docking）、药效团模型搜索（Compound Profiling）及基于配体分子相似性分析（Lignad Similarity Search）。这三种方法可以实现反向筛选以搜索小分子药物的未知靶标、非预期靶标或二级靶点。这三种不同的计算方法是互补的，可以相互结合使用。相比之下，形状和药效团筛选更简单、更快捷，而反向对接更复杂、更慢。我们将在以下部分中详细介绍这三种方法。
利用python构建分子碎片库
recher_He1107的博客
04-11 477
基于分子文件构建分子碎片库。内嵌Brics， Recap， MacFrags三种算法。RECAP（Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure）：RECAP 是一种基于化学反应规则的分子切割方法，通过将分子沿特定的化学键进行断裂，生成更小的碎片。这些碎片可以帮助研究者更好地了解分子的结构和活性关系。BRICS。
datamol:一个用于处理分子的python库。 建立在RDKit之上
04-07
基于RDKit的分子Python库 datamol是用于处理分子的python库。 它是在之上构建的，旨在尽可能地轻便。 :snake: 简单的pythonic API :alembic: 首先是rdkit.Chem.Mol ：您操作的只是rdkit.Chem.Mol对象。 :check_mark_button: 操纵分子通常取决于许多选择。 datamol通过设计提供了良好的默认设置。 :brain: 性能很重要：内置的高效并行化（如果可能）带有可选的进度条。 :joystick: 现代IO：使用fsspec读取和写入多种格式（sdf，xlsx，csv等）的开箱即用的远程支持。 文献资料 访问 。 安装 使用conda： mamba install -c conda-forge datamol 快速API导览 import datamol as dm # Common functions mol = dm . to_mol ( "O=C(C)Oc1ccccc1C
Discovery Studio 4.5 for Win 分子建模和模拟环境
leroylee7的博客
10-22 3249
discovery studio 简介 discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境工具，服务于众多实验生物学家、药物化学家、结构生物学家等等，是非常强大且可靠的科研工具。特别是在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上让数据能够共享和交流，使得我们的科研人员并不是一个人在研究，你可以和同样实用软件的用户进行交流，非常方便。 discovery studio 4.5还细分了众多模块，从最基本的界面和显示模块到一些蛋白..
Discovery studio构建药效团（Pharmacophore）的方式
简单记录生活、学习
08-09 2312
一类是具有相同药理作用的类似物，它们具有某种基本结构，即相同的化学结构部分如磺胺类药物、局麻药、受体阻断剂、拟肾上腺素药物等;另一类是一组化学结构完全不同的分子，但它们以相同的机理与同一受体结合，产生同样的药理作用，如己烯雌酚的化学结构比较简单，但因其立体构象与雌二醇相似，也具有雌激素样作用。药效团是基于药效特征元素为基础建立的模型。药效特征元素主要分为七种，包括: 氢键供体、氢键受体、正负电荷中心、芳环中心、疏水基团、亲水基团以及几何构象体积冲撞。一个有效的药效团模型，一般包含3-5个有效的药效团元素。
Discovery studio使用之DNA建模
yu_bio的博客
12-05 2897
DNA建模通常是利用3D-DART, 但是现在3D-DART网站已经无法进入。如果还想用它进行DNA建模，需要通过docker container去运行它: https://github.com/haddocking/3D-DART-server/ 这里介绍如何利用Discovery studio软件对DNA进行建模。 Tools—>Macromolecules—>Build and Edit Nucleic Acid 左边设置中可以选择DNA的延伸方式（默认为向3‘端延伸），DNA类型（单链还
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使用discovery Studio Visualizer 2021软件进行分子对接后分析，主要是研究如何绘制和保存2D受体-配体相互作用图，虽然这个操作很简单。
分子对接发现，mol2使用autodock tools(linux版本）转化为pdbqt文件后，在discovert studio上看发现化学键是断裂的，这是正常的吗？
weixin_46207310的博客
10-30 378
太奇怪了，化学键居然是断裂的...
Discovery Studio分子动力学教程.pdf
08-18
1. **导入蛋白-配体复合物**：启动Discovery Studio后，从文件浏览器中找到目标文件并打开，将复合物导入3D窗口。 2. **赋予力场参数**：使用Change Forcefield工具，选择合适的力场（如CHARMm）并应用到复合物上。 ...
Discovery Studio 2.5 操作教程
01-07
Discovery Studio 2.5 操作教程 Discovery Studio 2.5 操作教程
Discovery Studio 2021.zip
08-05
Discovery Studio 2021是一款功能非常强大的化学实验软件。这款软件主要的功能就是让用户在编辑化学教材的时候能够拥有更多的模型和图纸设计方案，如果您需要分析化学或者是分析分子模型，就可以通过这款软件将您的...
Discovery Studio2019
03-03
《Discovery Studio 2019：分子模拟与对接技术详解》 Discovery Studio 2019是一款强大的分子模拟软件，广泛应用于药物设计、生物大分子结构分析和分子对接等领域。本文将详细介绍其中的基础教程，包括小分子配体的...
Discovery Studio 4.0 CDOCKER 教程.pdf
03-28
Discovery Studio 4.0 CDOCKER 教程
Gromacs模拟一：配体-双链蛋白质复合物体系准备
基博的博客
03-30 1747
实践是检验一切的真理，这句话是一点也没错，教程也不一定全是对的，还是要自己做一遍。
图数据库查询与操作指南-以Nebula图数据库为例
DZSpace，专注于计算机科学与技术领域的技术博主，致力于分享实用知识与技巧，帮助读者快速掌握技术要点，共同探索计算机世界的无限可能。欢迎访问DZSpace的博客，一起学习进步！
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ODBC连接达梦数据库
qq_55187735的博客
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用户执行，因为环境变量配置在。
已经10岁的K8S，在很多方面仍需努力
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discovery studio分子对接
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