DNA建模通常是利用3D-DART, 但是现在3D-DART网站已经无法进入。如果还想用它进行DNA建模,需要通过docker container去运行它:
https://github.com/haddocking/3D-DART-server/
这里介绍如何利用Discovery studio软件对DNA进行建模。
Tools—>Macromolecules—>Build and Edit Nucleic Acid
左边设置中可以选择DNA的延伸方式(默认为向3‘端延伸),DNA类型(单链还是双链),构象(A/B/Z)
例:
Build Action: Create/Grow at 3’
Nucleic Acid Type: DNA-Duplex
Conformation: B Helix
设置好后可点击A G C T…依次为核苷酸建模,
也可以点击Specify Residues直接输入序列文本。