shell使用cellphonedb

在安装好cellphonedb后，cd到路径，输入conda activate cellphonedb 激活环境

再cd到自己存放数据的路径，初始分析需要两个文件，cellphonedb_count.txt 和cellphonedb_meta.txt，然后

cellphonedb method statistical_analysis --output-path ./cellphoneDB/test cellphonedb_meta.txt cellphonedb_count.txt

# 如果是直接写出基因名的加这个参数，转化为基因ID的话不用加。

画图需要在环境下配置pheatmap和ggplot2包

1.画点图

cellphonedb plot dot_plot 需要means和pvalues文件，设置输出路径 --output-path 设置输出名称--output-name

2.画热图

cellphonedb plot heatmap_plot   需要meta文件，和pvalues文件，注意，只能设置输出路径，不能设置输出名称，无效参数。