装cellphonedb 碰到的问题&常见问题汇总

conda create -n cpdb python=3.6

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple h5py

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple numpy

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple rpy2

1. 按照教程成功pip安装h5py和numpy后，继续安装rpy2提示

显示python版本和rpy2版本不对应，查找报错信息后发现，需要升级pip。但是，知道是pip的原因之后，可以直接使用pip3来安装环境。重新用pip3安装上述软件，成功。（pip3对应的是python3）

2. cellphonedb成功安装后，提示一些功能不能正常使用

根据报错信息，发现与R相关。尝在cpdb环境调取R，发现失败

报错信息提示，加载动态库（.so）失败，推测是环境变量有问题，全局查找此文件libreadline.so.6，发现确实没有此文件

然后查找这个动态库的不带.6版本的文件，找到了这个文件，

于是对其进行软链接，将.6版本的文件软链接到此文件上

继续执行R命令，发现依然缺少动态库。此时犯了一个错误，以为是有文件夹没有配置到环境变量中

（btw：vim 操作：

vim查看文件之后，将光标移动到要写入的地方（一般使文件尾部），按i或o进行写文件，输入完成之后，依次按esc ：两个按键。

再输入wq ，按下enter即可保存，如果不想保存，输入q！即可）

配置完环境变量后，启动R依然报同样的错误，才想起来是动态库带了尾缀版本号，还是需要继续软链，于是将R报的缺少的文件继续进行软链，再次启动R，成功！启动cellphonedb，也成功！