VIGA的使用

https://github.com/EGTortuero/viga

1、介绍

viga -- 从头病毒组注释器

2、参数

1、必须参数

输入文件为核苷酸FASTA文件。他可以包含多个序列

输出名称：没有扩展名的输出文件的名称，因为程序将自动添加它们。默认情况下，程序将使用输入名称作为输出

2、高级参数

轨迹字符串：连续体/序列的名称。如果输入是多FASTA文件，请输入一个通用名称，因为程序将在名称的末尾添加连续体的编号。默认情况下，重叠群的名称将为“LOC”

3、示例

1、执行（仅使用基本参数）的一个示例是：

python VIGA.py --input contigs.fasta --diamonddb databases/refseq_viral_proteins --blastdb databases/refseq_viral_proteins --hmmerdb databases/PVOGS.hmm --rfamdb databases/Rfam.cm --modifiers modifiers.txt

2、另一个示例（这次禁用了 HMMer 的使用，这允许快速执行管道）是：

python VIGA.py --input contigs.fasta --diamonddb databases/refseq_viral_proteins --blastdb databases/refseq_viral_proteins --nohmmer --rfamdb databases/rfam/Rfam.cm --modifiers ../modifiers.txt

3、最后，如果需要在服务器、计算机群集或超级计算机中运行管道，强烈建议使用 --threads 参数：

python VIGA.py --input contigs.fasta --diamonddb databases/refseq_viral_proteins --blastdb databases/refseq_viral_proteins --nohmmer --rfamdb databases/rfam/Rfam.cm --modifiers ../modifiers.txt --threads 10

4、shell脚本

#!/bin/bash
file=$(ls ../cut_vir_contig/)
for f in $file
do
cd ${f%.*}
sudo ~/DATA/Chenhu/viga/run-viga --input $f --diamonddb /data/databases/RefSeq_Viral_DIAMOND/refseq_viral_proteins.dmnd --blastdb /data/databases/RefSeq_Viral_BLAST/refseq_viral_proteins --rfamdb /data/databases/rfam/Rfam.cm --modifiers ../modifiers.txt --gff --nohmmer
echo $f finish
cd ..
done

#!/bin/bash
file=$(ls ../cut_vir_contig/)
for f in $file
do
cd ${f%.*}
sudo ~/DATA/Chenhu/viga/run-viga --input $f --diamonddb /data/databases/RefSeq_Viral_DIAMOND/refseq_viral_proteins.dmnd --blastdb /data/databases/RefSeq_Viral_BLAST/refseq_viral_proteins --rfamdb /data/databases/rfam/Rfam.cm --modifiers modifiers.txt --gff --nohmmer
echo $f finish
cd ..
done