VIGA--病毒基因组注释

VIGA安装及数据库配置

基于docker容器命令

sudo ~/DATA/Chenhu/viga/run-viga --input test.fna --diamonddb /data/databases/RefSeq_Viral_DIAMOND/refseq_viral_proteins.dmnd --blastdb /data/databases/RefSeq_Viral_BLAST/refseq_viral_proteins --rfamdb /data/databases/rfam/Rfam.cm --modifiers modifiers.txt --gff --nohmmer

参数：

–gff参数：生成gff注释信息文件
其他参数：见此

modifiers文件格式（用于简述病毒基因组基本信息）
[organism=Serratia marcescens subsp. marcescens] [sub-species=marcescens] [strain=AH0650_Sm1] [moltype=DNA] [tech=wgs] [gcode=11] [country=Australia] [isolation-source=sputum]
如：

结果