差异基因富集分析（R语言——GO&KEGG&GSEA）

接着上次的内容，上篇内容给大家分享了基因表达量怎么做分组差异分析，从而获得差异基因集，想了解的可以去看一下，这篇主要给大家分享一下得到显著差异基因集后怎么做一下通路富集。

1.准备差异基因集

我就直接把上次分享的拿到这边了。我们一般都把差异基因分为上调基因和下调基因分别做通路富集分析。下面上代码，可能包含我的一些个人习惯，勿怪。显著差异基因的筛选条件根据个人需求设置哈。

##载入所需R包
library(readxl)
library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(topGO)
library(pathview)
library(ggplot2)
library(GSEABase)
library(limma) 
library(clusterProfiler)
library(enrichplot)


##edger
edger_diff <- diff_gene_Group
edger_diff_up <- rownames(edger_diff[which(edger_diff$logFC > 0.584962501),])
edger_diff_down <- rownames(edger_diff[which(edger_diff$logFC < -0.584962501),])

##deseq2
deseq2_diff <- diff_gene_Group2
deseq2_diff_up <- rownames(deseq2_diff[which(deseq2_diff$log2FoldChange > 0.584962501),])
deseq2_diff_down <- rownames(deseq2_diff[which(deseq2_diff$log2FoldChange < -0.584962501),])

##将差异基因集保存为一个list
gene_diff_edger_deseq2 <- list()
gene_diff_edger_deseq2[["edger_diff_up"]] <- edger_diff_up
gene_diff_edger_deseq2[["edger_diff_down"]] <- edger_diff_down
gene_diff_edger_deseq2[["deseq2_diff_up"]] <- deseq2_diff_up
gene_diff_edger_deseq2[["deseq2_diff_down"]] <- deseq2_diff_down

2.进行通路富集分析

这里主要介绍普通的GO&KEGG&GSEA的简单富集。筛选显著富集通路的筛选条件也是根据自己的需求决定，一般是矫正后P值小于0.05。我这里是省事，写了各list循环。

for (i in 1:length(gene_diff_edger_deseq2)){
  keytypes(org.Hs.eg.db)
  
  entrezid_all = mapIds(x = org.Hs.eg.db,