RNA-seq(7)-差异基因功能富集分析——学习笔记

参考链接：
功能富集分析

GO analysis
有在线版的：
最主流的就是DAVID，我觉得这个已经足够了,。另外还有Gather，GOrilla,revigo。可以去参考链接里看一下具体的网址。但是这些有一个很大的缺点是，我们要根据自己的喜好去筛选log2fc 绝对值在某一数字以上的基因，有很大的主观因素。
因此，GSEA(基因集富集)是非常好的一种办法。可采用clusterProfiler。

setwd("D:/biotech/RNA/aligned")
getwd()

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")

library(clusterProfiler)
library(DOSE)
library(org.Mm.eg.db)
library(ggplot2)
library(stringr)

#加载数据，并挑选表达差异的基因ID，也可以用biomaRt包转换成gene name,用gene name 进行分析，这样就和参考链接里的语法一样了
sig.gene=read.csv("diffgene.csv"