用docker做blast

查找blast

> docker search blast

出来很多结果

NAME                                 DESCRIPTION                                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATED
ncbi/blast                           Official NCBI BLAST+ docker image               12
blasteh/vuepress                     Vuepress builder using mounted folders. Supp…   6                    [OK]
biocontainers/blast                  basic local alignment search tool               4                    [OK]
blastfire/weatherapi                                                                 0
blastingpath/firebase-deployer                                                       0
blasteh/paste                        Quick deployment for a Fiche netcat server      0                    [OK]

下载第一个吧

> docker pull ncbi/blast

查看有多少个镜像

> docker image ls

启动一个镜像

> docker run --rm -it ncbi/blast:latest
> exit #退出
> docker image rm ncbi/blast:latest #删除镜像

测试数据放在D盘的w_blast下

在dock下创建一个work文件夹

进入blast镜像，将D盘的w_blast映射到dock的work

> docker run --rm -v /d/w_blast:/work -it cac073b9a3ce

建库 比对

# makeblastdb -in /work/s.fa -dbtype nucl -out /work/db/sdb.fa
# blastn -query /work/a.fa -db /work/db/sdb.fa -outfmt 6 -evalue 1e-5 -max_target_seqs 5 -out /work/out.txt