Linux下BLAST安装及BLAST使用

1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；

2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；

3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;

4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T

5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：

>test....

ACGTCAGTCGATCGAT.....

6、进行比对

$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out

formatdb -i ncbi_arab2.fna -o T -p F

$blastall -p blastn -i Cereon_Ath_Ler.fasta -d ncbi_arab2.fna -e 1e-10 -o result

假设：

你安装的blast路径为 /opt/blast/

1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；

目的：所有用户，不管其当前路径是什么，均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径

解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin，在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序

建议：简单起见，你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后，也可以直接输入程序名来使用你安装的blast

2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username