【LAMMPS学习】八、基础知识(2.1)2D模拟

8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.2.1.二维模拟

使用dimension 命令指定二维模拟。

通过 boundary 命令使模拟框在 z 轴上呈周期性。这是默认设置。

如果使用 create_box 命令定义模拟框，请将 z 尺寸设置为狭窄但有限，以便 create_atoms  命令将用原子的单个 z 平面填充 3d 模拟框 - 例如

create_box 1 -10 10 -10 10 -0.25 0.25

如果使用 read_data 命令读取原子坐标文件，请将“zlo zhi”值设置为有限但狭窄，类似于刚刚描述的 create_box 命令设置。对于文件中的每个原子，分配一个 z 坐标，使其落在盒子的 z 边界内 - 例如0.0。

使用  fix enforce2d 命令作为最后定义的固定，以确保速度和力的 z 分量在每个时间步均被清零。将其作为最后一个固定的原因是，其他固定引起的任何力都将被归零。

LAMMPS 发行版中包含的许多示例输入脚本都是针对 2d 模型的。

注：

LAMMPS 中的某些模型将粒子视为有限尺寸的球体，而不是点粒子。有关详细信息，请参阅atom_style sphere 和 fix nve/sphere 命令。默认情况下，对于 2d 模拟，此类粒子仍将被建模为 3d 球体，而不是 2d 圆盘（圆形），这意味着它们的惯性矩将是球体的惯性矩。如果您希望将它们建模为 2d 光盘，请参阅 set density/disc 命令以及 fix nve/sphere, fix nvt/sphere, fix nph/sphere, fix npt/sphere 命令的光盘选项。