【LAMMPS学习】八、基础知识(5.10)LAMMPS流形（表面）

8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.4. 力场入门

8.5. 软件包入门

8.5.1.有限尺寸球形和非球形粒子

8.5.2. 粒度模型

8.5.3.体粒子

8.5.4.黏合粒子(BMP)模型

8.5.5.极化模型

8.5.6. 绝热核/壳模型

8.5.7.Drude感应偶极子 

8.5.8. LAMMPS 中热化 Drude 振荡器教程

8.5.9. LAMMPS 近场动力学

8.5.10.流形（表面）

概述：

本页不是关于 LAMMPS 输入脚本命令，而是关于流形，流形是广义表面，由 MANIFOLD 包定义和使用，用于跟踪流形上的粒子运动。有关该包及其命令的更多详细信息，请参阅 src/MANIFOLD/README 文件。

下面是 MANIFOLD 包当前支持的流形列表、它们的参数以及它们的简短描述。此处列出的参数的顺序与传递给相关修复程序的参数顺序相同。

manifold	parameters	equation	description
cylinder	R	x^2 + y^2 - R^2 = 0	圆柱沿z轴，轴经过(0,0,0)
cylinder_dent	R l a	x^2 + y^2 - r(z)^2 = 0, r(x) = R if | z | > l, r(z) = R - a*(1 + cos(z/l))/2 otherwise	在z = 0附近有凹痕的圆柱体
dumbbell	a A B c	-( x^2 + y^2 ) + (a^2 - z^2/c^2) * ( 1 + (A*sin(B*z^2))^4) = 0	哑
ellipsoid	a b c	(x/a)^2 + (y/b)^2 + (z/c)^2 = 0	椭圆体
gaussian_bump	A l rc1 rc2	if( x < rc1) -z + A * exp( -x^2 / (2 l^2) ); else if( x < rc2 ) -z + a + b*x + c*x^2 + d*x^3; else z	在x = y = 0处有一个高斯凸起，平滑地变为一个平面z = 0。
plane	a b c x0 y0 z0	a*(x-x0) + b*(y-y0) + c*(z-z0) = 0	法线(A,b,c)经过点(x0,y0,z0)的平面
plane_wiggle	a w	z - a*sin(w*x) = 0	z沿x方向有正弦调制的平面。
sphere	R	x^2 + y^2 + z^2 - R^2 = 0	一个半径为R的球
supersphere	R q	| x |^q + | y |^q + | z |^q - R^q = 0	超半径R的超球
spine	a, A, B, B2, c	-(x^2 + y^2) + (a^2 - z^2/f(z)^2)*(1 + (A*sin(g(z)*z^2))^4), f(z) = c if z > 0, 1 otherwise; g(z) = B if z > 0, B2 otherwise	树突棘的近似值
spine_two	a, A, B, B2, c	-(x^2 + y^2) + (a^2 - z^2/f(z)^2)*(1 + (A*sin(g(z)*z^2))^2), f(z) = c if z > 0, 1 otherwise; g(z) = B if z > 0, B2 otherwise	另一种树突棘的近似
thylakoid	wB LB lB	Various, see (Paquay)	基粒类囊体模型由两个块状隔室组成，通过宽度为 wB、长度为 LB 和锥度长度为 lB 的桥连接
torus	R r	(R - sqrt( x^2 + y^2 ) )^2 + z^2 - r^2	具有大半径 R 和小半径 r 的环面，以 (0,0,0) 为中心

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参考文献：

(Paquay) Paquay and Kusters, Biophys. J., 110, 6, (2016). preprint available at arXiv:1411.3019