跨膜蛋白研究新利器：TmDet 4.0 网络服务器详解

在跨膜蛋白结构研究中，确定其在脂质双分子层中的方向至关重要。但传统结构测定方法会丢失这一关键信息，且随着新型跨膜蛋白结构出现和 AI 预测模型的发展，相关研究面临诸多挑战。今天为大家介绍的 TmDet 4.0，就能有效应对这些难题。

相关的研究近期刚发表在Nucleic Acids Research
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf338

简介

TmDet 4.0 是一款全新升级的跨膜蛋白膜方向预测网络服务器。它的算法经过优化，采用模块化设计，运用 C++ 编写，并借助 Gemmi 和 PugiXML 等库。其核心算法基于几何方法，同时在多方面进行了改进，如使用新的权重计算目标函数，将二级结构元素视为向量等，还能处理弯曲膜定位问题。
与其他服务器相比，TmDet 4.0 速度更快，且对不完整或低分辨率结构也能给出准确结果，还能提供每个结构元素的序列定位信息。无论是研究新型跨膜蛋白，还是验证 AI 预测的模型结构，TmDet 4.0 都能发挥重要作用。

TmDet在线使用

1. 地址

https://tmdet.unitmp.org/submit

2. 上传膜蛋白&设定参数

稍等片刻等待服务器读取上传的结构信息，接着会弹出如下所示的详细参数设定页面：

以下是对上图中的三个选项的解读：

• • Search for curved membrane（搜索弯曲膜）: 生物膜并不总是平坦的，像机械敏感离子通道所在的膜区域就呈弯曲状。该选项可专门用于检测这类弯曲膜表面 。

• • Fragment analysis（片段分析）: 主要用于分析模型结构。它会基于蛋白质结构检测球状、紧密的单元，将蛋白质切割成这些片段，再分别对每个片段运行 TmDet 算法。根据各片段的结果以及获得的兼容膜定义单元的组合，确定正确定位和错误定位的片段，进而识别出膜定位但不属于膜的链段（假阳性膜段），以及应在膜内但建模在膜外的片段（假阴性膜段），实现对模型质量的评估 ，无需与真实结构对比，就能让研究人员知晓模型的可靠程度。

• • Double membrane（双膜）：某些跨膜蛋白会嵌入双膜结构，如细菌的转运系统。此选项用于确定嵌入双膜的跨膜蛋白的两个膜的位置 。

3. 结果页面

蛋白的不同区域用不同的颜色标识，每种颜色代表的含义就在页面底部，以下是对各个类别的含义解释：

• • transmembrane：跨膜，指跨越生物膜（通常是脂质双分子层）的结构或过程，如跨膜蛋白，这类蛋白的部分或全部结构会穿越脂质双分子层，参与物质运输、信号传递等重要生命活动。

• • re-entrant loop：再入环，是跨膜蛋白结构中的一种特殊区域。它通常由一段螺旋和一段延伸的环组成，从膜的一侧进入膜内，然后又返回同一侧，在膜蛋白功能中可能参与底物结合、通道调控等过程。

• • interfacial helix：界面螺旋，是位于膜与蛋白质相互作用界面的螺旋结构，与膜表面平行。它在维持蛋白质与膜的结合以及调节蛋白质功能方面有重要作用，其定位和特性可受多种因素影响。

• • beta barrel：β-桶，是一种常见于跨膜蛋白的结构，由多条 β-链平行排列形成桶状结构，主要存在于革兰氏阴性菌外膜蛋白等。β-桶结构能够为蛋白质提供稳定的跨膜支架，介导物质跨膜运输等功能。

• • inside side：内侧，在细胞或细胞器膜的情境下，指靠近细胞内部或细胞器内部的一侧。

• • one side：一侧，较为宽泛地指代膜的某一侧，不明确具体是内侧还是外侧。

• • two side：两侧，可能表示膜的内外两侧，或跨膜结构涉及到的两个不同侧面。

• • periplasm or intermembrane：周质或膜间空间，周质是革兰氏阴性菌细胞膜和外膜之间的区域；膜间空间通常指线粒体、叶绿体等细胞器中内膜和外膜之间的空间，这些区域存在特定的蛋白质和物质，参与多种生理过程。

• • false positive membrane：假阳性膜区域，在跨膜蛋白结构分析中，指被错误地判定为位于膜内的区域，实际上这些区域并不在膜内。

• • false negative membrane：假阴性膜区域，与假阳性相反，指实际应该在膜内，但在分析中未被识别为膜内的区域。