Autodock金属络合物对接

前面几期我们介绍过分子对接的相关内容：包括ledock对接、covelent dock共价对接、pyrx(内核autodock4、vina)对接。这其中我用的例子都是有机分子，那么同样的方法适用于金属络合物吗？显然不是，至少不全是…
本期我们就介绍一下在AutoDockTools中实现金属络合物对接的方式。

1.设置工作目录

File->Preference->Set...
对接过程输出的结果默认保存在设置的工作目录中

2.准备受体

• 读入文件
  File->Read Molecule
• 去氢(如果蛋白本来就没氢可能会报错，不用担心可继续向下操作)
  Edit->Delete->Delete Hydrogens
• 加氢（加全部氢）
  Edit->Hydrogens->Add
• 计算电荷
  Edit->Charges->Compute Gasteiger
• 将原子类型名称转变为autodock4所能识别的
  Edit->Atoms->Assign AD4 type
• 导出为pdbqt格式
  File->Save->Write PDBQT
• 鼠标选中左侧的蛋白条目，右击Delete删除（后面对接时需要读入刚刚保存的pdbqt文件，为了避免名称混乱所以先删去）

3.准备配体

• 读入配体分子文件Auranofin.mol2。
  Ligand->Input->Open

• 检测配体分子可旋转键的root
  Ligand->Torsion Tree->Detect Root

• 调整/自定义配体可扭转键
  Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions

注意：shift加左键点击绿色的键，颜色变紫则表示此键已设定为不可旋转。紫色键通常是双键或肽键等不可扭转的键，红色键通常表示芳香键。

• 加氢(只添加极性氢,此例该络合物无极性氢，所以看上去好像没做这一步)
  Edit->Hydrogens->Add

• 导出为pdbqt格式
  Ligand->Output->Save as PDBQT
• 鼠标选中左侧配体分子条目，右击Delete删除。

4.autogrid

• 打开蛋白pdbqt文件
  Grid->Macromocule->Open
• 打开小分子pdbqt文件
  Grid->Set Map Types->Open ligand
• 设置盒子信息
  Grid->Grid Box

盒子信息可以通过pymol插件获取盒子信息，手动计算出盒子质心（-32, -12.25, 0.75）

• 保存盒子信息
  在Grid Options对话框中File->Close saving current
• 输出gpf文件
  Grid->Output->Save GPF(后缀名手动补全)

关键一步👇👇👇

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用文本编辑器打开刚刚保存的dock.gpf文件。在文件第一行插入如下内容：

parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file

解释一下：AD4_parameters.dat是同时存在工作目录下的文件，这里面包含了几种常见金属离子的参数（Au原子也在其中）

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• 运行autogrid
  Run->Run Autogrid

在弹出的对话框内Parameter Filename一项选择刚刚保存的*.gpf文件，点击Launch运行（一段时间后工作目录中出现glg文件及多个map文件）。

5.Docking

• 打开蛋白(pdbqt格式)
  Docking->Macromocule->Set rigid Filename
• 打开配体分子（pdbqt格式）
  Docking->Ligand->Open
• 设置Docking算法
  Docking->Search Parameters->Local Search Parameters
  (Local Search更快; Genetic Alogorithm更精准)
• 设置Docking对接参数
  Docking->Docking Parameters (默认参数即可)
• Docking导出为dpf对接参数文件
  Docking->Output->Local Search (保存dpf文件时一定要添加后缀名,和保存gpf文件时一样）

关键一步👇👇👇

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用文本编辑器打开刚刚保存的dock.dpf文件。在文件第一行插入如下内容：

parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file

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• 对接
  Run->Run AutoDock （Parameter Filename选择刚刚保存的dpf文件）

• 查看对接结果
  Analyze->Dockings->Open
  打开上一步生成的dlg文件(即结果文件)
• Analyze->Conformations->Play
  查看对接结果构象

• 保存所有结果到pdbqt文件

注意： 如果想用pymol查看结果，需得将输出的pdbqt格式文件转为mol2格式，因为pymol对pdbqt格式支持不好，很容易出现配位键断裂的情况。