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JCIM | 一种考虑受体结构的从头药物生成方法-SBMolGen
2021年,Biao Ma等人在JCIM期刊上发表了一篇名为**“Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations”**文章。介绍了一种考虑受体结构的从头药物生成方法。原创 2023-02-12 19:54:48 · 363 阅读 · 0 评论 -
SBMolGen | 考虑受体结构的从头药物生成工具
项目源头: https://github.com/clinfo/SBMolGen原创 2023-02-09 14:46:13 · 328 阅读 · 0 评论 -
rDock安装方法
这种方法不适用Ubuntu18.04(不懂什么原因,在好几台设备上都无法成功), 但在。文件夹,发现可执行文件成功生成。后续使用过程发现没有什么问题,因此此报错可以忽略。如上图所示,执行了55个测试都成功了,但最后还是给了个error。关注grosetta公众号,后台回复‘rdock’获取安装包。Ubuntu20.04没有尝试。此方法满足常规对接需求。原创 2023-02-08 22:52:57 · 545 阅读 · 0 评论 -
虚拟筛选(基础概要)
通常所说的虚拟筛选是图中A区域所示的过程。在获得Hit Componds后,一般有条件的可以直接用实验验证。但为了提升阳性率,降低实验成本,也可以继续进行B区域所示过程,运用分子动力学模拟的手段进一步过滤Hit Componds(但此步往往耗时较长,操作也更为繁琐,门槛更高)。关注** grosetta**公众号,回复"虚拟筛选"获得相关学习资源。原创 2023-02-02 19:55:29 · 2908 阅读 · 0 评论 -
Gromacs-自由能微扰(FEP)
自由能微扰(FreeEnergyPerturbation, 简称FEP),是一种评估一系列结构相似化合物结合受体能力的方法。比如当我们需要对一个已确定有生物活性的化合物进行结构微改前,需要先有一个前期预估,然后再有选择性地合成。这种情况下,常规的分子对接已经不能够胜任前期的评估工作,因为粗糙的打分函数很难将一众相似的分子区分开来。因此需要更为精细的计算方法,自由能微扰就是其中之一。路径下的文件夹中包含每个窗口分析文件,用于帮助我们判定设定的参数是否合理。在进行下一步之前,需要用文本编辑器打开文件。原创 2022-12-14 00:29:43 · 3415 阅读 · 6 评论 -
Gromacs伞形采样
伞形采样是一种加速采样方法。对于生物大分子而言,一些大的构象变化在现有的模拟尺度范围内很难达到或者根本无法达到。这种情况下人们往往采用给体系添加外部偏置力的手段加速这一过程的发生。具体的就是在大分子某一部位施加一个简谐力(可以想象成弹簧),以恒定速度牵引其移动。这一过程属于拉伸动力学(SMD)范畴。在拉伸过程中,上述被牵引的区域发生位移,然后挑选这期间的一些构象,以这些构象为初始帧进行独立的模拟(如图1)。最后用加权直方的手段对这些模拟进行整合,得出牵引过程能量变化情况。这一过程叫伞形采样。原创 2022-11-08 23:16:54 · 4244 阅读 · 5 评论 -
免费虚拟筛选软件 - PyRx
PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件。目前只有0.8版本是免费的(同名公众浩后台回复:‘pyrx’),其余的版本都存在版权限制。原创 2022-10-29 16:32:47 · 3933 阅读 · 4 评论 -
让分子在PPT里“动”起来
很多时候我们在做presentation时,常常需要展示一些分子结构。通常情况下会采用组合多个视角的二维图的方式而尽可能多地展现分子结构细节,但这样做一方面很不直观,另一方面也不方便讲述。而做成动画视频或动图会是个不错的呈现方式,但这样往往会使得ppt文件变得臃肿庞大,随时面临死机的状况。此外一旦制作好不方便调整修改,对演讲者时间的把控能力也提出了更高要求。原创 2022-10-21 13:22:32 · 1201 阅读 · 0 评论 -
windows开源版的pymol安装方法
如果你想要让自己的pymol页面框变得更有质感,可以继续在命令行中输入如下内容并回车:(这一步非必须,可以跳过)安装时默认下一步就好,唯一需要注意的是设置的安装路径中最好不要有中文(否则可能会报各种奇奇怪怪的错误)第一步安装完成后,开始菜单下会出现如下所示多个图标,找到下图红框内的图标,打开会出现一个命令行窗口。后台回复:"pymol"获取pymol安装包,将安装包内的文件拷贝到桌面。出现下图所示的“Successfully…至此,pymol安装完毕。原创 2022-10-20 23:40:13 · 5474 阅读 · 3 评论 -
绘制蛋白-配体2D相互作用工具汇总
一般做完分子对接后需要分析配体结合模式,简洁明了的平面2D图往往是一种不错的呈现方式。DS、薛定谔、MOE都可以很方便地绘制,但它们都是收费的。本期介绍几个可以绘制蛋白-配体2D相互作用的免费工具(网页端、离线端)。原创 2022-10-21 13:10:31 · 3687 阅读 · 4 评论 -
薛定谔 | 先导化合物优化与相互作用可视化
当获得针对某个靶点的先导分子后,想要在此基础上进行化学结构修饰。为了提升化学改造的成功率可以采用本教程方法进行结构虚拟改造/优化。每用薛定谔处理一个新任务,第一步必须创建新的project以方便日后管理。选项卡中修改工作路径(可以方便地找到输出文件)原创 2022-10-20 23:39:09 · 1073 阅读 · 0 评论 -
薛定谔 | 分子药效团构建
部分有两个选项,第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合,这种情况下默认是没有进行构象搜索,因此当选中第一个后,页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的,因此它们就不能再进行构象搜索,否则会对预先叠合结果产生影响,因此当选中第二个选项后,页面下方产生构象的选项就无法勾选。基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似,但需要对复合物进行预处理。在左侧需要提前选中所有的配体分子。,设置每个配体分子产生构象个数。原创 2022-10-20 23:38:13 · 1756 阅读 · 2 评论 -
薛定谔 | 用药效团模型筛选药物
药效团筛药原创 2022-10-20 23:37:25 · 1432 阅读 · 2 评论 -
薛定谔 | 共价对接
官网地址:https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock。高通量虚拟筛选模式:(速度快,适用于筛选大量化合物,迅速找到潜在的共价结合分子)精确对接模式:(速度慢,更精确,适用于预测分析少量配体分子结合模式)此步对蛋白去除无用链、去除结晶分子、去除水分子、加氢、能量最小化。对配体分子质子化、生成所有可能的同分异构体。原创 2022-10-20 23:35:39 · 4880 阅读 · 3 评论 -
薛定谔 | 分子对接及基于受体的虚拟筛选
在正常准备蛋白的步骤中弹出了蛋白质中一些位置可变的残基(如下图所示),选中任意一种残基,点击next position会展现出这个残基可能的其他构象,点击commit即选定这个位置,表格中的数字表示这种位置的残基可能的概率大小,当所有残基都commit后,再点击update,将选定的这一组氨基酸的定位给固定下来(当然每个残基要选哪一个残基要靠自己的判断进行适当的取舍,对于不在活性口袋的可变残基可忽略其可变的位置。输入PDB ID获取。鼠标点击蛋白-配体复合物中的配体分子即可生成下图所示的格点盒子。原创 2022-10-20 23:33:03 · 5068 阅读 · 1 评论 -
薛定谔 | 诱导契合对接(结合位点柔性)
所谓诱导契合对接说的直白点就是在对接过程中,不仅小分子改变pose(姿势),结合空腔中的氨基酸残基位置也会改变。即配体和受体双向奔赴的过程。原创 2022-10-20 23:32:09 · 3513 阅读 · 1 评论 -
薛定谔 | 小分子叠合
所谓分子叠合就是将同一种分子不同构象移动到一起,使得二者整体保证原子的叠合。这类操作之后往往会有一个RMSD的指标用于衡量这两个分子之间的空间相似度。数值越小,二者差异越小。蛋白、核酸的分子叠合很多软件都可以做,也很方便做。但小分子之间的叠合却不是件容易的事儿,一方面对于小分子的叠合多数情况下都是不同分子,二者可能仅仅只具有相似的分子骨架,而原子数、原子类型等都存在较大差异,这个时候让程序自行寻找原子对应关系,显然强人所难了。原创 2022-10-20 23:30:56 · 1664 阅读 · 1 评论 -
PYMOL | 制作动画
方法一固然可以制作动画,但不方便调整,只适用于制作短小简单的动画。当制作复杂动画时(呈现多个视角)如果想调整存储的不同视角呈现顺序则十分不便。下面介绍的第二种方法可以很好地应对这点不足。可以看到下方出现了时间帧数进度条(3秒共90帧)。如果后续想延长动画时长,可以重复上述操作。如果想删除掉某个时间节点处的视角,可以右键选择。拖动时间进度条,在合适的位置分配“视角”。输出的图片导入Pr制作动画。原创 2022-10-20 23:29:46 · 4349 阅读 · 2 评论 -
PYMOL | 高频使用命令
PYMOL | 高频使用命令。原创 2022-10-20 23:28:09 · 1293 阅读 · 0 评论 -
MOE定量构效关系(QSAR)
定量构效关系(QSAR)指利用数理统计方法建立特定性质与分子理化性质参数或结构参数之间关系的方法。目前多款商业软件都已集成了该功能,之所以以MOE为例,是因为它的QSAR构建页面是我见过最简洁、最直观的,而且功能分区比较集中,不需要开开关关多个窗口。原创 2022-10-18 21:41:12 · 2731 阅读 · 0 评论 -
Autodock金属络合物对接
前面几期我们介绍过分子对接的相关内容:包括ledock对接、covelent dock共价对接、pyrx(内核autodock4、vina)对接。这其中我用的例子都是有机分子,那么同样的方法适用于金属络合物吗?显然不是,至少不全是…本期我们就介绍一下在AutoDockTools中实现金属络合物对接的方式(需要说明的是ledock还不支持金属络合物的对接)。公众号后台回复“metal”获取准备文件。原创 2022-10-18 21:35:07 · 5950 阅读 · 10 评论 -
DS分子骨架跃迁
当我们通过筛选获得了一种有潜在活性的小分子化合物,并想以此作为先导化合物进行结构改造时,可以采用骨架跃迁(Scaffold Hopping)的改造方式。所谓分子骨架跃迁是将一个配体的核心骨架替换为一个新的具有类似功能的基团来提高化合物的性质或者寻找具有类似功能的全新化合物。应用这种方法,在充分考虑活性的基础上,可以设计出突破专利保护,结构新颖,且可能改善药物代谢动力学性质的全新药物分子。原创 2022-10-18 21:32:51 · 739 阅读 · 0 评论 -
小分子药物logp预测/计算
众所周知,有机小分子拥有很多内禀属性,如logP, logD,溶解度,和pKa等。可以帮助我们在实验过程中快速评估和预测小分子行为。如化合物的亲脂性常常由logP和logD表示。所谓logP是对P(分配系数Partition coefficient)取10为底的对数形式,它定义了化合物在两种互不相容的溶剂中(正辛醇/水)的分配比率。logP所计算的分配比率并未考虑小分子的电离,只考虑了未电离形式的分配情况。原创 2022-10-18 21:30:14 · 12580 阅读 · 3 评论