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药研猿
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基于深度学习的蛋白序列设计方法——proteinMPNN
2022年9月15日华盛顿大学的David Backer组在Science上发表了一篇题为Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN的工作。该团队开发了一种基于深度学习的蛋白质序列设计方法 —— ProteinMPNN。其与传统基于物理的方法设计的Rosetta,序列恢复度提升了19.5%;且运行速度更快。proteinMPNN设计的序列相较于天然序列提高了表达量和稳定性,这对于通过结晶解析结构而言大有裨益。原创 2022-10-23 13:13:45 · 3191 阅读 · 4 评论 -
结构预测、功能注释、分子对接 —— 这个网站全包了
如下图,左边栏列出了它的所有功能。挑了几个使用频率可能比较高的几个仔细了解了一下。原创 2022-10-21 13:17:24 · 9837 阅读 · 3 评论 -
Alphafold2/multimer本地安装+报错处理
Alphafold2本地部署常见的有两种方式:一、构建Docker镜像;二、Conda部署。尝试了一下第一种方法碰到了无法运行(不报错,但不执行计算)的问题,加上对Docker不熟悉,所以放弃,转而选择第二种。安装硬件设备:CPU: 64核磁盘: 4T系统: Ubuntu18.04RAM: 64G显卡:NVIDIA GV102CUDA版本: 11.7显卡驱动版本:515.43.04。原创 2022-10-18 19:08:55 · 2713 阅读 · 0 评论