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药研猿
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DrugGUI: 用于预测药物结合口袋以及评估蛋白可成药性的模拟工具
是一个 VMD 插件,设计用于包含**有机小分子(探针)**的模拟,以进行成药性评估。在模拟中,分子探针及蛋白分子均被施加CHARMM力场。在DrugGUI构建的模拟体系中,添加具有多样化的物理化学性质的探针分子,这些探针的作用是为了模拟和识别蛋白质上的潜在药物结合位点。:这是一种小的、非极性的烷烃分子,通常用于模拟疏水性环境。:这是一种带有氨基的极性分子,能够在生理pH值下带正电荷,用于模拟带电的蛋白质结合位点。:这是一种有机酸,具有极性,能够模拟带负电荷的蛋白质结合位点。原创 2024-02-18 16:30:06 · 611 阅读 · 0 评论 -
CHAPERONg:基于GROMACS的分子动力学模拟和轨迹分析的自动化工具
创建一个占位的立方单元格,并引导用户交互式地调整盒子和质心尺寸。原创 2024-02-13 16:34:17 · 1014 阅读 · 0 评论 -
Molecular Cell | MD鉴定琥珀酸与SUCNR1的结合路径以及在SUCNR1上的两个高亲和力结合位点
研究团队使用了无监督的MD模拟和突变分析,结合人类、小鼠和大鼠的SUCNR1结构。他们模拟了琥珀酸和其类似物(CES)与受体的结合过程,并使用well-tempered metadynamics模拟来研究琥珀酸的结合路径。此外,还进行了突变实验来验证模拟结果,并探讨了拮抗剂NF-56-EJ40的结合机制。研究发现SUCNR1有两个低能量的琥珀酸结合位点,一个位于ECV,另一个位于正位结合位点。这些发现为开发针对SUCNR1的药物提供了新的视角,并可能促进对代谢应激相关疾病的治疗策略的发展。原创 2024-02-12 20:53:32 · 749 阅读 · 0 评论 -
同源建模-build loop
对于有残基缺失的晶体结构往往采用同源建模的方式补全,但常规的同源建模方法往往造成非缺失区域残基的挪动,有时我们并不想出现这种状况,尤其是涉及到多个截短体拼合的情况,这时就需要用到约束性同源建模的方法,只对缺失区域补全而尽可能少地改动非缺失区域。原创 2023-08-10 14:44:39 · 567 阅读 · 0 评论 -
使用vmd渲染并保存指定分辨率的图片
使用vmd对分子图片进行渲染保存原创 2023-07-30 23:00:28 · 1710 阅读 · 0 评论 -
Gromacs-plumed元动力学
gromacs联用plumed实现运动力学采样原创 2023-07-30 20:15:19 · 839 阅读 · 0 评论 -
Gromacs-自由能微扰(FEP)
自由能微扰(FreeEnergyPerturbation, 简称FEP),是一种评估一系列结构相似化合物结合受体能力的方法。比如当我们需要对一个已确定有生物活性的化合物进行结构微改前,需要先有一个前期预估,然后再有选择性地合成。这种情况下,常规的分子对接已经不能够胜任前期的评估工作,因为粗糙的打分函数很难将一众相似的分子区分开来。因此需要更为精细的计算方法,自由能微扰就是其中之一。路径下的文件夹中包含每个窗口分析文件,用于帮助我们判定设定的参数是否合理。在进行下一步之前,需要用文本编辑器打开文件。原创 2022-12-14 00:29:43 · 3591 阅读 · 6 评论 -
Gromacs伞形采样
伞形采样是一种加速采样方法。对于生物大分子而言,一些大的构象变化在现有的模拟尺度范围内很难达到或者根本无法达到。这种情况下人们往往采用给体系添加外部偏置力的手段加速这一过程的发生。具体的就是在大分子某一部位施加一个简谐力(可以想象成弹簧),以恒定速度牵引其移动。这一过程属于拉伸动力学(SMD)范畴。在拉伸过程中,上述被牵引的区域发生位移,然后挑选这期间的一些构象,以这些构象为初始帧进行独立的模拟(如图1)。最后用加权直方的手段对这些模拟进行整合,得出牵引过程能量变化情况。这一过程叫伞形采样。原创 2022-11-08 23:16:54 · 4511 阅读 · 5 评论 -
让分子在PPT里“动”起来
很多时候我们在做presentation时,常常需要展示一些分子结构。通常情况下会采用组合多个视角的二维图的方式而尽可能多地展现分子结构细节,但这样做一方面很不直观,另一方面也不方便讲述。而做成动画视频或动图会是个不错的呈现方式,但这样往往会使得ppt文件变得臃肿庞大,随时面临死机的状况。此外一旦制作好不方便调整修改,对演讲者时间的把控能力也提出了更高要求。原创 2022-10-21 13:22:32 · 1303 阅读 · 0 评论 -
恒定PH值分子动力学模拟
👇。原创 2022-10-18 21:37:28 · 2259 阅读 · 1 评论 -
AMBER免费申请流程
因为Amber是一款收费软件,受版权保护。但一次偶然的机会让我得知:Amber官网提供给了发展中国家(包括天朝)费用豁免申请的机会(如下图所示),抱着试一试的心态弄了一下,结果还真的获得了最新版Amber22的安装包以及授权许可。原创 2022-10-18 21:23:11 · 2003 阅读 · 6 评论 -
支持qm/mm的gromacs编译(gromacs+cp2k)
Gromacs+Cp2k qm/mm编译方式原创 2022-10-18 19:01:44 · 2506 阅读 · 0 评论 -
Gromacs副本交换分子动力学模拟(REMD)
REMD(副本交换分子动力学)是一种增强采样方法,其在不同温度下对具有相似势能的体系进行采样。通过这种方法,可以增加体系跳出势能面势阱的可能性,从而达到探索新的构象空间的目的。一般来说某一温度下蛋白模拟构象分布满足正态分布规律。如上图所示,展示了同一体系在不同温度下的分布情况,横坐标表示模拟过程中出现的构象,纵坐标表示某一构象存在的丰度。对于体系1(绿色)而言,能达到虚线区域内构象的概率比较小,需要延长模拟时间才能提高这个区域构象出现的次数,若模拟时间不充分甚至有可能采样不到该区域的构象。而对于体.原创 2022-05-16 14:21:03 · 4616 阅读 · 2 评论