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RSS订阅原创 GFF3 TO GTF
GFF3 TO GTFgff3格式是使用gmap软件得到的。 输入文件gff3的格式如下：chr1A IWGSCv1.0_gmap gene 11740 12074 . + . ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1
2017-02-28 14:23:35
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原创 RNA_Seq差异表达分析流程
RNA_Seq差异表达分析流程1、数据下载ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR122/005/SRR1228245/SRR1228245_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR122/005/SRR1228245/SRR1228245_2.fastq.gzftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR12
2017-02-28 14:10:14
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原创 The pangenome of hexaploid bread wheat
The pangenome of hexaploid bread wheat 今天看到这样一篇文章，着实高兴了一番。在小麦参考基因组刚刚公布，文章还未发表的情况下，突然跳出了一篇小麦宏基因组的文章，让人不得不得感叹，这都是什么世道。匆匆看过一遍之后，有点失望，这分析也太简单了，怪不得只发在了The plant jounarl上，需要挖掘的信息很多啊。 文章一共使用了18个小麦品种，其中就包括中国
2017-02-26 22:14:01
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原创 InterProScan 5.19版本以后提示 /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found
InterProScan 5.19版本以后提示 /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14’ not found。包括5.20 5.21 5.22 5.23等。如果出现这个错误，可行的解决办法是：下载 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/5/bin/sfld_binary.zip将该文件下的两个文件（s
2017-02-24 09:23:53
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转载 ABySS2.0安装及使用
ABySSABySS is a de novo sequence assembler intended for short paired-end reads and large genomes.ContentsQuick Start Install ABySS on Debian or UbuntuInstall ABySS on Mac OS XDependenciesCompilin
2017-02-21 16:44:26
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原创 解决 libdl.so.2 not find
libdl.so.2 glibc-2.14/build/elf/sprof`GLIBC_2.14' not found strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBCGLIBC_2.2.5GLIBC_2.2.6GLIBC_2.3GLIBC_2.3.2GLIBC_2.3.3GLIBC_2.3.4GLIBC_2.4GLIBC_2.5GLIBC_2.6GLI
2017-02-18 23:32:58
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原创 两个文件的合并
两个文件的合并分别有文件一和文件二，文件一和文件二都有一列内容是相同的。根据此列内容可将两者结合起来。文件一的格式如下 AEGTA04333 LOC_Os01g33520|LOC_Os01g33520.1 2.70E-25 LOC_Os01g33520|LOC_Os01g33520.1 PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal cat
2017-02-18 18:03:07
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原创 推荐：蛋白在线比对网站
推荐：蛋白在线比对网站https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/提交一条蛋白序列去调取数据库中库相似的蛋白序列。结果与blastp结果类似。但是比blastp结果多出来很多其他的东西，比如，结构域检测，序列的多重比对.结果部分共分为四项，Score, Taxonomy, Domain,Download.
2017-02-18 11:37:55
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原创 fasta转成txt
fasta转成txt有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件写了一个简单的命令。用法如下：fasta2txt -i input.fa -o out.txt代码如下#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-__author__ = "Sheng-Wei Ma"import click #需要你的电脑安装click包@
2017-02-10 22:55:49
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原创 水稻广谱与持久抗稻瘟病基因位点Pigm的抗病机制
水稻广谱与持久抗稻瘟病基因位点Pigm的抗病机制 刚刚看到《科学》在线发表了何祖华研究组题与合作者完成的关于水稻持久广谱抗病的最新研究成果为“Epigenetic regulation of antagonistic receptors confers rice blast resistance with yield balance”的研究论文。 从起源于我国农家品种的育种材料中鉴定了一个广谱持
2017-02-08 15:21:28
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空空如也
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