perl代码实现fasta序列GC含量从高到低排序

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $gc;
my $gc_ratio = 0;
my $id ="";
my %hash;
local $/ = "\n>";

open IN,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!";
while (<IN>) {
	s/>//g;
	my($id,$seq) = split /\n/,$_,2;
	my $len = length $seq;
	$seq =~s/\n//g;
	my $gc = ($seq=~tr/G/G/ + $seq=~tr/C/C/);
	my $gc_ratio = $gc/$len;
	$hash{$id} = $gc_ratio;
}
close IN;

foreach my $id (sort keys %hash) {
	print "$id\t$hash{$id}\n";
}



  • 0
    点赞
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值