为什么要选择nanopore测序技术,这是因为nanopore测序技术具有一些无与伦比的优势,可以解决很多技术难题。主要包括,超长读长,DNA/RNA直接测序,真正的实时性,无需对测序设备的资金投入,可扩展性:便携式或台式测序仪,10 分钟文库制备,高保真度,对大基因组的高数据量测序(引用自nanopore官方网站:https://nanoporetech.com/)。下面我们具体来介绍一下。
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1 超长读长
在纳米孔测序中,读长长度可以等于输入片段长度。读长长度不受限于测序设备,用户可以通过所使用的文库制备实验方案来控制片段长度。目前报到处DNA片段长度最高记录为>2 Mb,直接RNA测序读长最长为26kb。长读长提供了一个更明确的方法来比对和匹配DNA或RNA序列,提供高质量、更完整、更连续的基因组组装。在类如植物基因组和具有大型结构变异和高水平重复区域的基因组中优势显著。就像拼图一样,读长越长,组装越容易。