蛋白质组学两个定量方法（iBAQ和LFQ）的区别及常见的标准化方法

1、基于Maxquant软件处理的LabelFree蛋白质组学

首先，在使用Maxquant软件进行查库的时候，有两个参数值得大家关注：LFQ和iBAQ。
当我们在进行搜库时，如果两个参数都选择，将会在结果文件中有三个定量结果：Intensity，IBAQ和LFQ。
接下来，我们来详细解释一下这三个定量结果的区别：

• Intensity：将Protein Group中的所有Unique和Razor peptides的信号强度求和，作为最原始的强度值
• iBAQ：基于 Intensity 的强度值，除以该蛋白的理论肽段数目，主要用于同一样本内，不同蛋白的相互比较
• LFQ：基于 Intensity 的强度值，在不同样本间执行矫正操作，达到降低样本预处理，仪器分析等操作造成的样本间的差异，主要用于同一蛋白，不同样本间的表达差异。比如，不同处理方法间，同一蛋白的表达量变化

2、数据的标准化方法

1. Mean normalization
   $$norm(x_i)=\frac{x_i}{mean(x)}$$
2. Median normalization
   $$norm(x_i)=$$