蛋白质组学搜库软件之 MaxQuant 介绍

最新推荐文章于 2025-02-07 21:30:00 发布
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分类专栏： 生信学习 无稽之谈 文章标签： 数据库
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版权

搜库过程是理论谱图和实际谱图的匹配过程

本期继续介绍蛋白质组学搜库软件之 MaxQuant

1.参考文献

The MaxQuant computational platform for mass spectrometry–based shotgun proteomics （值得细细的阅读）

2.推荐理由

Free and easy

3.简介

  • MaxQuant是基于质谱(Ms)
最低0.47元/天 解锁文章
代谢组数据分析（零）：从质谱样本制备到MaxQuant搜库（蛋白质组和代谢组）
专注生信领域
05-01 3842
本文详细介绍了代谢组数据分析的过程，从LC-MS/MS技术的样本制备、分离、质谱鉴定到MaxQuant软件的使用。LC-MS/MS包括样本制备、液相色谱分离、质谱上机和鉴定等步骤。MaxQuant在蛋白质定性和定量中扮演关键角色，通过搜库和数据处理提供精准结果。此外，文章还涉及了数据采集模式、质谱图谱解析、数据库和软件选择以及结果评估等方面
4dda在linux中的意思,Evvail | MaxQuant-蛋白质组DDA数据分析金标准 | Omics - Hunter
weixin_30253289的博客
05-26 770
MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学DDA数据采集模式下的数据定量分析金标准，现在广泛应用于DDA数据分析，支持LFQ和Label的数据分析。MaxQuant 支持Windows和Linux(Linux版基于mono)下载地址：访问基本工作原理：支持市面上几乎所有仪器设备的原始Raw文件，其搜库引擎采用了Andromeda，针对不同的方法采用自定义评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴...
组学数据分析实操系列 | （二）一键实现MaxQuant非标定量蛋白质组学搜库结果的生信分析
最新发布
Specally的博客
02-07 1174
1）大家可选择上一篇文章中MaxQuant搜库得到的结果，或更简单的，选择LFQ-Analyst提供的示例数据Example LFQ data和Example Experimental Design file进行操作；比如，在火山图中画框选中感兴趣的点，图中会标注这些点的基因名，并在左侧数据表格中展示这些蛋白的信息。还有，在左侧LFQ结果表格中选择感兴趣的蛋白，右侧Protein Plot界面可针对这些蛋白绘制相应的箱图或小提琴图来显示其在不同样品中的定量差异。，方便我们对蛋白质组学数据进行理解和挖掘。
组学数据分析实操系列 | （一）用MaxQuant软件对定量蛋白质组学数据进行数据库检索
Specally的博客
02-07 1438
以上就是使用MaxQuant软件进行定量蛋白质组学数据搜库的过程啦，这一步我们只是拿到了基本的定量数据，下一篇我们继续讨论拿到MaxQuant搜库结果后该如何展开下一步的分析。导入仅包含数据文件的文件夹。如果是TMT标记定量的蛋白质组学数据，设置上有一些不同之处，我们这里把需要重点调整的参数拎出来，其它基本操作过程与上述步骤类似。iBAQ是基于Intensity的强度值，除以该蛋白的理论可被检测的肽段数目计算而来的定量值，主要用于不同蛋白的相互比较。，MaxQuant开始搜库，该页面会显示详细的搜库状态。
Maxquant软件
06-02
蛋白质谱分析软件，可以将质谱产生的RAW文件进行一步步转换得到相应的肽段和蛋白情况，从而进行下一步分析
maxquant蛋白质检索数据库蛋白组组学软件
12-14
MaxQuant是一款先进的,免费的用于分析大型质谱数据集的定量蛋白质组学软件包。它是专门针对高分辨率的MS数据。支持多种定量标记技术及非标定量。
MaxQuant software
03-19
用于LC-MS/MS质谱测序数据的标量及非标量蛋白数据库搜索及分析
MaxQuant的安装和使用（linux OR windows）
Rys_Ben_Blogs
10-30 6045
MaxQuant 是一款定量蛋白质组学软件包，支持多种标记定量和无标定量的质谱数据。
蛋白组学搜库分析软件 MaxQuant使用教程
avareart的博客
04-26 7030
MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。针对每种方法，采用自定义的多级评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴定进行优化。MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。 一.下载安装 官网：https://maxquant.ne.
蛋白质组学之MaxQuant
weixin_48076899的博客
03-25 1032
PRIDE数据库获得的数据中，combined文件为使用MaxQuant搜库后的蛋白质组数据，其中\combined\txt文件夹中的proteinGroups.txt文件为后续分析的目标文件。MaxQuant可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式：.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。数据：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?
MaxQuant_1.6.2蛋白质谱分析软件.zip
09-03
软件介绍: MaxQuant蛋白质谱分析软件，可设置原始数据、组特定参数、全局参数、性能和可视化组态。能够将质谱产生的RAW文件转换得到相应的肽段和蛋白情况，从而进行下一步分析研究。
质谱分析软件教程MSFinder-Tutorial
04-06
通过对未知样品质谱的检索，提取特征峰并进行标记，与质谱数据库中的样本进行指纹区和碎片化的比对，列出一系列可能性大的化合物。
一种将蛋白质质谱数据进行可视化的软件
01-04
一种将蛋白质质谱数据进行可视化的软件，荣双梅，苏忠城，质谱分析方法被广泛地用于蛋白质组的研究。不同质谱仪所产生的质谱初始数据格式不同，严重阻碍了蛋白质组的鉴定和定量研究。本文
质谱结果查看软件
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先安装foundation，再安装xcalibur，然后用qual browse 查看raw结果
Running MaxQuant——蛋白质组学建库软件（一）
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1. 打开MaxQuant界面 2. 如果有之前设置好的参数，可以直接点击“文件”选择“加载参数”导入。没有则跳过。 3. “原始数据”： “Load”：将.raw文件直接导入软件，根据样本选择“No fractions”或者”Set fractions”。 4. “组特定参数”： “Modifications”：选择样本相关的修饰，点击“<”添加或删除。 “Instrument”：M...
基于shotgun蛋白质组学的MaxQuant质谱计算平台
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基于shotgun蛋白质组学的MaxQuant质谱计算平台 MaxQuant是基于质谱（Ms）的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一。自2008年首次发布以来，它在功能上有了很大的发展，可以与更多的Ms平台结合使用。在这里，我们提出了一个更新的协议，涵盖了最重要的基本计算工作流程，包括那些设计用于定量无标记蛋白质组学，Ms1水平标记和等压标记技术。该协议提供了MaxQuant中使用的参数的完整描述，以及其集成搜索引擎andromeda的配置选项。该协议更新描述了对实质上修改了该技术的现有协议的适配。简要回顾了
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Specally的博客
12-26 4229
文章中一般以PPI（Protein‑Protein Interaction）互作网络图进行展示，每个节点为一个差异蛋白，节点之间的连线表示两个蛋白之间存在已知的或预测可能存在的蛋白相互作用，节点颜色表示该蛋白在比较组中的定量信息，如下图所示。对差异表达蛋白进行蛋白互作网络分析，展示差异蛋白间的相互关联，从而寻找网络中的关键节点。富集分析则是在功能注释的基础上的进一步分析，其主要目的是以背景蛋白为参照，分析差异蛋白较为集中分布的注释条目，从而筛选出与差异蛋白更相关、更可能具有生物学意义的功能注释条目。
蛋白组学 代谢组
生信小博士的博客
07-01 1029
我们使用Maxquant做Label Free蛋白质组学定量分析的时候，在Maxquant的参数设置时，会遇到两个参数，LFQ和iBAQ，那么，选择哪个好呢？如果你都选上，在最终的proteingroups.txt中，会出现三列：Intensity、IBAQ、LFQ intensity，这三列中的数字，也就是蛋白的定量强度，并不一样，那么，到底那一列比较准呢？首先，让我们来看一下三者的计算原理是什么？
在Fragpipe蛋白质搜库时,如何合并两个数据库一起搜索
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在Fragpipe蛋白质搜库时，合并两个数据库一起搜索可以通过以下步骤实现： 1. **准备数据库文件**： - 确保你有两个数据库文件，通常是FASTA格式。这些文件包含了蛋白质序列信息。 2. **合并数据库文件**： - ...
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