图像分割标注工具——QuPath使用说明

本文提供了一种对于单一且不规则目标的分割标注方法，如对于神经细胞、裂缝等，传统分割的标注十分麻烦，而本文提供的工具则可以相对快速的进行标注。

目录

0、QuPath资源一览

1、下载与安装

1.1、下载

1.2、安装

2、基本用法

2.1、工程管理

2.2、图片导入

2.3、基本操作

2.4、数据保存

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0、QuPath资源一览

        QuPath是一款病理学和生物图像定量分析的软件，支持多种标注方式。一些常用资源如下：

• 官网：QuPath

• 官方文档：https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/index.html

• 软件下载列表：https://github.com/qupath/qupath/releases

1、下载与安装

1.1、下载

        可以直接从官网下载：

        也可以从软件下载列表中下载需要的特定版本：

1.2、安装

        Windows版本，直接双击安装包，一步步安装即可：

        Linux版本， 先对下载的压缩包解压，再进入启动命令所在目录，并赋予执行权限，即可运行：

Bash # 将your_path_to_download替换为你解压后QuPath的路径： cd your_path_to_download/QuPath/bin sudo chmod +x QuPath ./QuPath

        其他平台自行尝试。

2、基本用法

2.1、工程管理

        虽然QuPath支持直接对图片进行处理，但建议使用其工程管理，这样可以方便地管理你的标注任务。

        启动QuPath软件后，依次点击“File-->Project-->Create project”创建一个新的工程，如图所示：

        也可以依次点击“File-->Project-->Open project”来打开一个已有的工程，或者依次点击“File-->Recent Project-->A”来打开一个已有的工程A。如果是打开已有工程，则会自动加载之前所导入的图片、已有的标注等信息，这对于工作的连续性较为友好。

2.2、图片导入

        有两种方式，可以依次点击“File-->Open”来选择一张图片：

        也可以直接将多张图片一次性拖入QuPath中：

        然后，点击“Import”导入进来：

2.3、基本操作

        QuPath支持多种标注方式，包括矩形、圆形、线条、多边形、轮廓线、画笔等：

        可以选择需要的工具在图中进行标注。

2.4、数据保存

        标注完毕后，可以依次点击“File-->Object data-->Export as GeoJSON”将标注结果保存起来: