PyMOL简单操作图文介绍

PyMOL

PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。
PyMOL是作图软件，修改很少。
经常用来发文章显示配体结合位点，确定的AA侧链互作的模式（比如氢键）等等。

官网：

https://pymol.org/2/

多个平台都能下载应用：

下完之后记得注册激化一下，否则会限制一些功能：

Buy License > Student/Teacher > 填入学校机构信息 > 等待邮件发送账号密码（很快） > 下载pymol-edu-license.lic

进入Pymol > Install new license file > Browse for License File > 选择下载的license.lic文件 > 激活成功

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优点

它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：
高质量科学论文发表图形，动画制作，文档文件和会话文件并存，鼠标操作与命令行操作，免费的开放源码，PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

基本操作

Pymol既可以用鼠标操作，也可以用命令行操作。

鼠标操作

任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。
移动图像：对准图像的任意处按住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
设定图像旋转中心：Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面：Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。
总结起来，基本操作如同下图所示：

命令行操作

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写。
Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：

Pymol> keyword argument

其中关键词（keyword） 如load、 zoom、 color、 set等等， 是必须的， ；
而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：

Pymol> quit

通常情况下需要加变量，当不加任何变量时， Pymol会默认一个变量all。

**外部GUI：**输入命令，wiki有好多命令（可以解放鼠标）
**内部GUI：**如果是residue模式，点击会选中那个AA的所有原子。更精细的用atom，比如看两个原子是不是距离3A以内。

在Internal GUI中，我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作，所以我们一定要熟悉，All指所有的对象，(sele)是选择的对象按钮
A：代表对这个对象的各种action，
S：显示这个对象的某种样式，
H：隐藏某种样式，
L：显示某种label，
C：显示的颜色
具体如下所示：