pymol学习实验记录

平台:

ubuntu18.10 x64位

一:什么是pymol

PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作.

商业版网址:

https://pymol.org/2/#download

 

开源项目网址:

https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

二:pymol的下载和安装激活

下载linux版本:

                  使用的是pymol的教育版本,因为自己大学有相关的证书授权

 

解压下载的文件并添加环境变量:

mv PyMOL-2.3.0_66-Linux-x86_64-py37.tar.bz2 /codeEnvi/
tar -jxvf PyMOL-2.3.0_66-Linux-x86_64-py37.tar.bz2
cd pymol
vim /etc/profile
#添加内容参考下面内容
source /etc/profile
pymol

在/etc/profile添加主要内容:

export PYMOL=/codeEnvi/pymol
export PATH=.:$PATH:${PYMOL}/bin

如果结果没有出错的话,会出现以下结果:

如果没有激活的话,会有30天的试用期限

获得和安装激活证书

网址:

https://pymol.org/edu/?q=educational

在以上网址填写相关信息.注册的时候一定要填写各个大学的edu.cn结尾的教育域名邮箱.

 

会得到一个邮件,包含 获得证书的下载网址:密码:账户等

将http://pymol.org.ep粘贴到浏览器,回车,按照提示操作下载证书,在下载页面会要求再次输入账户,密码,下载成功.

点击browse for license file,选择下载的证书,回车确认,即可激活.