本期序和安装lammps——分子动力学仿真及其在离子阱中运用学习与实践分享第2.0

基态清原子

已于 2024-03-15 00:34:12 修改

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分类专栏：分子动力学文章标签：学习笔记

于 2024-03-06 23:15:39 首次发布

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本期序言

在前面的第一期当中，我主要分享的是理论上的一些学习成果，而分子动力学最终还是要落脚在实践。本期2.x系列当中我将以实际的代码切入，和大家一起学习和熟悉lammps的原理和使用。

本期目录

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lammps

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一种开源的分子动力学模拟软件，用于研究原子、分子以及其他粒子的宏观行为，它为研究人员提供了一个高效、可扩展和灵活的模拟平台，以便对各种不同尺度的系统进行模拟和分析。它可以处理从几百到上百万甚至数十亿粒子的系统，并且能够模拟不同类型的相互作用力场，包括经典力场、量子力场和混合力场。
LAMMPS的特点之一是其高度可扩展性。它可以在单个计算节点上运行，也可以通过并行计算在数千个计算节点上运行，并且能够充分利用多核处理器和GPU等高性能计算硬件的优势。这使得LAMMPS能够模拟具有高精度和较长时间尺度的复杂系统，例如生物大分子、纳米颗粒、聚合物和晶体等。
LAMMPS还具有丰富的功能和灵活的输入选项，使用户能够自定义各种模拟设置和分析方法。它支持多种输入和输出格式，包括LAMMPS自有的格式、常见的文本格式和可视化软件的格式，方便用户对模拟结果进行后续处理和可视化。
除了核心的分子动力学模拟功能外，LAMMPS还提供了众多的扩展模块和工具，用于模拟特定问题、开展更高级别的研究和进行高效的数据分析。这些扩展模块包括温度控制、压力控制、断裂模拟、电动力学模拟、润滑模拟等。此外，LAMMPS还支持通过Python和C++等编程语言进行自定义脚本和插件的开发。
总体而言，LAMMPS是一款功能强大、易于使用且高度灵活的分子动力学模拟软件，广泛应用于物理、化学、材料科学、生物科学等领域，为研究人员提供了一个强大的工具来模拟和理解不同体系的行为。

lammps安装

lammps官网链接：lammps
在官网上，他们介绍了很多种下载的方法，可以阅读download页面选择适宜的方式，可以通过Github或者SourceForge下载，但我认为最简洁的还是conda的方式。

linux和虚拟机

如果是学生，大概率采用的是Windows操作系统。但由于多数专业软件（包括lammps）在linux上性能更优bug更少，仍然建议使用linux系统使用。可以通过虚拟机在windows系统内以一个应用程序的形式实现一个linux环境。
首先需要一个虚拟机运行程序，推荐VMware。这个软件需要自己获取，搜索vmware安装可以跳出很多教程，我的经验不足以给出更好的了。停在“创建新的虚拟机”一步。
随后就是选择自己的linux系统了，大家可以根据自己的需要选择，Debian是一个比较稳定的方案。虚拟机的安装通常是下载系统软件后，通过虚拟光盘的方式在VMware中安装，想必VMware教程中后半部分都有介绍。可以在官网（例如debian）找到下载链接，或者开源镜像站（例如清华tuna）。