Freesurfer学习笔记——Using Control Points to Fix Intensity Normalization3.5

当无法确定白质的强度时，强度归一化步骤可能会产生错误，导致白质分割错误。通过在白质volume中手动添加控制点，使其标准化为强度110，可以修正此类型错误。

Freeview中在Cursor和Mouse框里brainmask和T1旁的值为强度。

Manually Selecting Control Points

cp_before是一个需要添加控制点使体素包含在wm.mgz中的例子，coronal slice 130左右的切片都需要修复。

freeview -v cp_before/mri/brainmask.mgz \
-f cp_before/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
cp_before/surf/lh.pial:edgecolor=red \
cp_before/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
cp_before/surf/rh.pial:edgecolor=red

在wm体素强度小于110处添加控制点：

File -> New Point Set ，使用control.dat 作为新点集的名称，选择control points option，template volume 为 brainmask，点击确定。创建控制点（显示为小绿点）：单击鼠标左键；删除控制点：Shift+鼠标左键；

添加控制点的技巧：

1.控制点只能添加在绝对是白质的区域，不能在cortex, cerebellum, brainstem, or outside of the skull上添加；

2.控制点应添加在白质强度远小于110（85-100）的区域；

3.控制点也可以添加在体素接近110（100-109）的区域；

4.控制点只能添加在强度不是110的区域，在110的体素上添加是无效的；

5.脑部病变区域不应使用控制点使其归一化为110，而是应该手动编辑白质体素来修复；

6.控制点可以将较细的wm线束放在线束的底部来修复；

7.控制点在亮度非常高的区域中也很有用；

8.先少添加一些控制点，然后再慢慢增加，等有经验了才能准确知道应该加多少控制点；

9.一般情况下，不用添加太多的控制点就可以完成修复。

 

添加控制点后，保存文件：File -> Save Point Set或者单击Save point set button；输入control.dat作为文件名，便创建了一个文件，名为<subject name>/tmp/control.dat. 控制点必须保存在/tmp/文件夹中，以便重新检查时参考；选择control points option。

最后，运行以下命令：

recon-all -autorecon2-cp -autorecon3 -subjid cp_before

完成后，结果应该长这样：

本教程数据集中有本例添加的控制点的文件：cp_after/tmp/control.dat. 您可以加载到cp_after上查看他们是如何影响wm and pial surface的再生。