【freesurfer学习1】freesurfer结构像批处理

freesurfer结构像批处理

最近0基础新入脑科学的坑，在等待申请数据集的时候，顺便学习一下freesurfer。

软件的安装稍后在评论区补上。

 

recon-all 分割重建

在我自定义的重建文件夹recon下有test文件夹，有两个文件夹demo1dcmnii，demo2dcmnii，里面各有一个nii文件。在recon的目录下写一个批处理.sh文件来执行重建：

#!/usr/bin/env bash
export SUBJECTS_DIR=/home/recon
for subj in `ls /home/recon/test`
do
        recon-all -s $subj -i /home/recon/test/$subj/*.nii -all -qcache  
done

这个批处理可以操作多个sub用户的nii，比如demo4dcmnii、demo5dcmnii……。注意上面的 ` 符号是反引号，不是单引号。

然后打开命令行，运行sh文件:

:~/recon$ sh recon_all.sh

 执行会非常非常久

有以下处理过程：

  经过几个小时的等待，在recon文件下生成了两个新的文件夹：demo1dcmnii，demo2dcmnii，里面有处理好了的文件。

.

 在label文件夹中，

有.ctab文件，表示分割完后的颜色信息（RBG）：

 还有相同文件名对应的.annot文件，在网站中也有说明:

上图不同的分割分到的结果不一样，有的分的细，有的分的粗。还可以利用第三方的库，作为新的分割模板。

还有 .label文件，上图中每一个颜色块都是一个label .

在surf文件夹中，有.pial文件，是病人根据他的软脑膜所勾勒处理的脑皮层模型。.white是比软脑膜深一层，是白质灰质的交界。.inflated是把脑吹膨胀后得到的脑模板的信息。

使用freesurfer查看一下，命令行：freeview，加开后加载surface,选择inflated:

lh.pial:

lh.white:

.pial加上文件夹中annot: