ComplexHeatmap |理解绘图逻辑绘制热图-CSDN博客

# installed from bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ComplexHeatmap")

# 或者直接从Github安装
# installed from GitHub
if(!require(devtools)){install.packages("devtools")}
devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")

创建数据集

# pacman::p_load加载包，若不存在会自动安装
# 用在这不太合适，因为这个包是bioconductor的包，自动安装是调用install.packages，
# 具体没测试，可能会失败

pacman::p_load(ComplexHeatmap, circlize)

# 设置随机数种子，保证随机数据一致
set.seed(7)
mat <- cbind(rbind(matrix(rnorm(16, -1),4), matrix(rnorm(32, 1), 8)), rbind(matrix(rnorm(24, 1), 4), matrix(rnorm(48, -1), 8)))
mat <- mat[sample(nrow(mat), nrow(mat)), sample(ncol(mat), ncol(mat))]
rownames(mat) <- paste0("R", 1:12)
colnames(mat) <- paste0("C", 1:10)
# 常规矩阵就可以
mat

绘图

ComplexHeatmap绘制热图十分简单,使用默认参数

# 大写的H
Heatmap(mat)

定制化

ComplexHeatmap十分灵活，可以自定义多种参数绘制热图。

颜色

大多数情况下，绘制热图的矩阵都是连续性变量，通过提供颜色映射函数，我们可以自定义颜色，颜色选择和搭配见史上最全的图表色彩运用原理。这主要是通过circlize包中的colorRamp2()函数来实现的。

mat2 <- mat
mat2[1,1] <- 100000
# 设置颜色，并且不做行列聚类
Heatmap(mat2, col = colorRamp2(c(-3,0,3), c("green","white","red")), cluster_rows = FALSE, cluster_columns = FALSE)

试试彩虹色

Heatmap(mat, col = rev(rainbow(10)))

如果是离散型变量或者数值型当做离散数据、字符型变量的话，这时就需要特别指定颜色了

#离散型变量/数值型变量
discrete_mat <- matrix(sample(1:4, 100, replace = TRUE), 10, 10)
colors <- structure(circlize::rand_color(4), names=c("1","2","3","4"))
Heatmap(discrete_mat, col = colors)

#字符型变量
character_mat <- matrix(sample(letters[1:4], 100, replace = TRUE), 10, 10)
colors <- structure(circlize::rand_color(4), names=letters[1:4])
Heatmap(character_mat, col = colors)

可以看出，对于数值型变量，默认对行/列进行聚类，而对于字符型变量，则不进行聚类。

ComplexHeatmap允许数据中含有NA,只需要通过参数na_col来控制NA的颜色。

mat_with_NA <- mat
mat_with_NA[sample(c(TRUE, FALSE), nrow(mat)*ncol(mat), replace = TRUE, prob = c(1,9))] <- NA
Heatmap(mat_with_NA, na_col = "orange", clustering_distance_rows = "pearson")

ComplexHeatmap默认使用LAB颜色空间(LAB color space)，colorRamp2()提供了选择颜色空间的参数选项

f1 <- colorRamp2(seq(min(mat), max(mat), length=3), c("blue","#EEEEEE", "red"))
f2 <- colorRamp2(seq(min(mat), max(mat), length=3), c("blue","#EEEEEE", "red"), space = "RGB")
H1 <- Heatmap(mat, col = f1, column_title = "LAB color space")
H2 <- Heatmap(mat, col = f2, column_title = "RGB color space")
H1+H2

ComplexHeatmap提供了多种颜色空间选项，可以根据自身数据不断调整，选取合适的颜色空间。

标题

一个热图的标题有：图标题、图例标题、行列标题等， Heatmap里提供的name参数默认的是图例的标题

Heatmap(mat, name = "legend")

图例标题也可以通过heatmap_legend_param()进行修改

Heatmap(mat, heatmap_legend_param = list(title="legend"))

行列标题

Heatmap(mat, name = "legend", column_title = "Column", row_title = "Row")

Heatmap(mat, name = "legend", column_title = "Column", column_title_side = "bottom")

如果需要修改字体、字号，可以通过gpar()参数

Heatmap(mat, name = "legend",column_title = "Column", row_title = "Row", column_title_gp = gpar(fontsize=20, fontface="bold"), row_title_gp = gpar(fontsize=20, fontface="bold"))

标题可以旋转(水平或竖直)

Heatmap(mat, name = "legend", row_title = "Row", row_title_rot = 0)

SessionInfo

sessionInfo()


## R version 3.4.4 (2018-03-15)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
##
## Matrix products: default
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936
## [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936  
## [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
## [4] LC_NUMERIC=C                              
## [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    
##
## attached base packages:
## [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
## [8] base    
##
## other attached packages:
## [1] circlize_0.4.3        ComplexHeatmap_1.17.1
##
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_0.12.16         digest_0.6.15        rprojroot_1.3-2    
##  [4] backports_1.1.2      pacman_0.4.6         magrittr_1.5        
##  [7] evaluate_0.10.1      GlobalOptions_0.0.13 stringi_1.1.7      
## [10] GetoptLong_0.1.6     rmarkdown_1.9        RColorBrewer_1.1-2  
## [13] rjson_0.2.15         tools_3.4.4          stringr_1.3.0      
## [16] yaml_2.1.18          compiler_3.4.4       colorspace_1.3-2    
## [19] shape_1.4.4          htmltools_0.3.6      knitr_1.20


R统计和作图