蜜汁问题？差异基因分析谁比谁有差别吗？

做差异基因分析时经常会遇到有老师纠结是样品组A比样品组B还是样品组B比样品组A。每次我都是很诧异，这有区别吗？

这是一个典型的DESeq2输出结果，我们怎么知道他计算的是trt/untrt还是untrt/trt?

ID    trt    untrt    baseMean    log2FoldChange    pvalue    padj
ENSG00000152583    1885.248    80.835    983.042    4.546    1.219e-91    2.149e-87
ENSG00000189221    4366.392    416.725    2391.559    3.387    9.955e-61    8.779e-57
ENSG00000179094    1353.139    161.359    757.249    3.065    2.435e-54    1.432e-50
ENSG00000116584    1450.876    3033.977    2242.427    -1.064    3.957e-49    1.745e-45

选2个基因做个例子就可以，ENSG00000152583的log2FoldChange是正值，这个基因在trt样本组表达高；ENSG00000116584的log2FoldChange是负值，这个基因在untrt样本组表达高；结果很明显了，是trt/untrt。log2FoldChange为正时表示基因在处理后上调，为负时表示基因在处理后下调。

如果反过来，如下（给log2FoldChange列都乘以了-1）,log2FoldChange为正时表示基因在处理后下调，为负时表示基因在处理后上调。

ID    trt    untrt    baseMean    log2FoldChange    pvalue    padj
ENSG00000152583    1885.248    80.835    983.042    -4.546    1.219e-91    2.149e-87
ENSG00000189221    4366.392    416.725    2391.559    -3.387    9.955e-61    8.779e-57
ENSG00000179094    1353.139    161.359    757.249    -3.065    2.435e-54    1.432e-50
ENSG00000116584    1450.876    3033.977    2242.427    1.064    3.957e-49    1.745e-45

其实就是描述方式不同。你可以在差异基因分析之前制定以哪个组做参考；如果没有指定或忘记了指定，结果正好又是反过来的，直接对log2FoldChange取反就可以。

另外还有一个问题，在之前几期课程也是常常被问起，log2 Fold change （有时简写为log2FC）是什么？初次不知道这个单词的含义没问题，如果不知道差异倍数就有点不好理解了。

首先看Fold change是什么？是差异倍数。怎么算的呢？正常计算是两个组的平均值的商，具体到上面的例子就是trt/untrt，如ENSG00000152583的fold change是1885.248/80.835=23.32217。

为什么会取log2呢？我们看下下面这张图。所有算出的小于0的Fold change转为了负数，大于0的Fold change还是正数。且上调两倍可转为log2FC=1,下调两倍可转为log2FC=-1，转换后的值上下调存在对称关系，更有利于查看、筛选和绘图。如常用筛选标准abs(log2FC)>=1可以获得差异倍数2倍的上下调基因 (log(2)==1; log(0.5)=-1)。

fc=c(seq(0.25,1,length.out=4), seq(1,4,length.out=4))

data = data.frame(fc=fc, log2fc=abs(log2(fc)))

data$sign = ifelse(data$fc<1,'neg','pos')

data

# devtools::install_git("https://gitee.com/ct5869/ImageGP")
library(ImageGP)
sp_scatterplot(data, xvariable = "fc", yvariable = "log2fc", color_variable = "sign", manual_color_vector = c("red","blue"))

当然我们算出的log2FC跟DESeq2给出的不完全一致，是因为DESEq2做了进一步校正，但通常差别不大。