核酸染料小知识

核酸染料在生物学研究中不可或缺，它是我们检测、定量和分析核酸的重要工具。但对于核酸染料作用原理、种类和适用范围等，我们又了解多少呢？下面我们来简单介绍一下。

一、作用机制

核酸染料是一种能够与核酸结合的化合物，常用于核酸的定量与检测。核酸染料一般是芳香环化合物，分子中含有苯环或吡啶环。这些环结构可以吸收紫外线或蓝光，并发出荧光。核酸分子有核苷酸单元组成。核苷酸由一个五碳糖，一个含氮碱基和一个磷酸基团组成。DNA和RNA不同，但他们都含有四种碱基。核酸染料通常是通过与这些碱基中的一种或多种作用来染色。

核酸染料与核酸的结合主要通过电荷作用、氢键作用和疏水作用来完成。核酸通常带负电，而核酸染料一般带正电荷(见下图)，所以他们通过静电吸引相互结合；核酸染料上的一些集团也可以与核酸碱基之间形成氢键，从而与核酸结合；另外，核酸染料一般不溶于水，疏水性较强的染料与核酸中疏水性较强的碱基也能发生作用。二者结合时，染料的荧光性质会发生改变，这种变化就是我们用来给核酸定量或定性的基础。

二、常用染料

溴化乙锭(EB)是应用较早的核酸染料，价格便宜且与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。EB在紫外照射下不发光（或发光很微弱），但它能与单链或双链DNA高效结合，结合后的复合物在紫外照射下（300 nm左右）会发出明亮的橙红色荧光，荧光强度高出20-30倍，因此溴化乙锭可检测到少至10ng的DNA条带，非常灵敏。但同时EB具有非常明显的毒性及诱导遗传物质（DNA）突变（致癌）的特性。因此，现在出现了多种无毒/低毒的核酸染料来替代EB。

SYBR系核酸染料就是其中一种替代品，不同SYBR染料有不同的特点。

SYBR Green I是一种特异性结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。在游离状态下，SYBR Green I发出微弱的荧光，但一旦与双链DNA结合后，荧光大大增强。因此，SYBR Green I的荧光信号强度与双链DNA的数量相关，可以根据荧光信号检测出PCR体系存在的双链DNA数量。SYBR Green I 的最大吸收波长约为497nm，发射波长最大约为520nm，是最早应用于核酸检测方面的EB替代染料。

SYBR Green II 主要结合RNA和单链DNA，它是检测RNA或单链DNA的高灵敏染料。尽管它不是RNA特异的，但SYBR Green II与RNA结合的荧光量子产率（~0.54）高于DNA（~0.36）。SYBR Green II染料-RNA复合物的荧光不会被尿素或甲醛淬灭，因此在染色之前不必将变性剂洗脱。它可检测凝胶中低至100pg的ssDNA或者2ng RNA条带，特别适合SSCP分析和RNA分析。

SYBR Gold在灵敏度上有明显的优势，是这一系列染料中灵敏度最高的。它一旦结合核酸，荧光会增强1000倍以上。SYBR Gold染料可用于检测包括双链DNA，单链DNA和RNA，适用于琼脂糖凝胶电泳、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、单链构象多态性（SSCP）研究，以及其他常规的分析。

SYBR Safe在安全性上则更胜一筹。它的诱变性比EB要低得多，但检测灵敏度与EB相当。它的激发峰在280和502 nm，发射峰在530 nm。因此，核酸被染色后，可通过标准的紫外透射仪、可见光透射仪或激光扫描仪来查看。大家都知道，紫外光对DNA是有损伤的，如果用SYBR Safe搭配蓝光透射仪，就不会有这种问题，也无需担心紫外线对眼睛的损伤。

GelRed系染料主要是指GelRed和GelGreen，也是EB的替代核酸染料，其检测灵敏度不低于EB，而且不需要脱色。GelRed和GelGreen的毒性和诱变性远低于EB,是因为他们具有特殊化学的结构使其难以穿透细胞膜进入细胞，从而降低了该系染料的细胞毒性。如果您使用的是紫外成像仪，可选择GelRed；如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测，可选择GelGreen。

由于所有的核酸染料最终都会结合到DNA上才能通过染料从而对DNA进行分析，这也就意味着在琼脂糖凝胶分离核酸后如果采用点染法或胶染法进行核酸检测，根据使用的染料不同，核酸染料或多或少会对核酸的迁移率甚至带型产生影响。一般来说，核酸染料分子越大，安全性会越高；但同时用胶染法对电泳的迁移率或带型影响就越明显，虽然可以通过减少核酸上样量等方式来进行改善，但仍达不到泡染法的效果。

附：

FS-T1001	StarLighter dsDNA 高灵敏检测试剂盒	100 rxns
FS-T1002	StarLighter dsDNA 高灵敏检测试剂盒	500 rxns
FS-T1001-S	StarLighter dsDNA 高灵敏检测试剂盒	20 rxns
FS-T1003	StarLighter dsDNA 高灵敏检测试剂盒（酶标仪版）	500 rxns
FS-T1003-S	StarLighter dsDNA 高灵敏检测试剂盒（酶标仪版）	50 rxns
FS-T1004	StarLighter dsDNA 宽范围检测试剂盒	1000 rxns
FS-T1004-S	StarLighter dsDNA 宽范围检测试剂盒	100 rxns
FS-T1005	StarLighter 1× dsDNA 高灵敏检测试剂盒	500 rxns
FS-T1006	StarLighter RNA 高灵敏检测试剂盒	1000 rxns
FS-T1006-S	StarLighter RNA 高灵敏检测试剂盒	100 rxns
FS-T1007	StarLighter RNA 宽范围检测试剂盒	1000 rxns
FS-T1007-S	StarLighter RNA 宽范围检测试剂盒	100 rxns
FS-T1008	StarLighter ssDNA检测试剂盒	1000 rxns
FS-T1008-S	StarLighter ssDNA检测试剂盒	100 rxns