孟德尔随机化 mr_method_list 汇总和详解

背景

孟德尔随机化的方法有很多种, 每一种都有各自的使用场景, 在做数据分析的时候常常不知道应该使用哪一种, 因此对每种方法做了一个简单的介绍.

mr_method_list 汇总

以下是在mr_method_list中集成的方法汇总:

	obj	name PubmedID	Description	use_by_default	heterogeneity_test
1	mr_wald_ratio	Wald ratio		TRUE	FALSE
2	mr_two_sample_ml	Maximum likelihood		FALSE	TRUE
3	mr_egger_regression	MR Egger 26050253		TRUE	TRUE
4	mr_egger_regression_bootstrap	MR Egger (bootstrap) 26050253		FALSE	FALSE
5	mr_simple_median	Simple median		FALSE	FALSE
6	mr_weighted_median	Weighted median		TRUE	FALSE
7	mr_penalised_weighted_median	Penalised weighted median		FALSE	FALSE
8	mr_ivw	Inverse variance weighted		TRUE	TRUE
9	mr_ivw_radial	IVW radial		FALSE	TRUE
10	mr_ivw_mre	Inverse variance weighted (multiplicative random effects)		FALSE	FALSE
11	mr_ivw_fe	Inverse variance weighted (fixed effects)		FALSE	FALSE
12	mr_simple_mode	Simple mode		TRUE	FALSE
13	mr_weighted_mode	Weighted mode		TRUE	FALSE
14	mr_weighted_mode_nome	Weighted mode (NOME)		FALSE	FALSE
15	mr_simple_mode_nome	Simple mode (NOME)		FALSE	FALSE
16	mr_raps	Robust adjusted profile score (RAPS)		FALSE	FALSE
17	mr_sign	Sign concordance test	Tests for concordance of signs between exposure and outcome	FALSE	FALSE
18	mr_uwr	Unweighted regression	Doesn't use any weights	FALSE	TRUE

mr_method_list 详解

这个表格是一个关于多种因果推断方法（MR，Mendelian Randomization）的列表，每种方法都有其特定的名称、可能的PubmedID（如果有研究支持的话）、描述、是否默认使用以及是否进行异质性测试的信息。以下是对每种方法的简要解释：

1. mr_wald_ratio (Wald ratio): 使用单个遗传变异作为工具变量进行MR分析的最简单方法。默认使用，不进行异质性测试。
2. mr_two_sample_ml (Maximum likelihood): 使用最大似然估计进行两样本MR分析。不是默认方法，进行异质性测试。
3. mr_egger_regression (MR Egger): 通过引入交互项来纠正工具变量无效的偏差，提供一种检测和校正方向性混杂的方法。默认使用，进行异质性测试。
4. mr_egger_regression_bootstrap (MR Egger (bootstrap)): MR Egger方法的引导版本，用于提高估计的稳定性。不是默认方法，不进行异质性测试。
5. mr_simple_median (Simple median): 使用中位数估计器进行MR分析，对于偏差较小的工具变量较为稳健。不是默认方法，不进行异质性测试。
6. mr_weighted_median (Weighted median): 加权中位数估计器，考虑了工具变量的精确度。默认使用，不进行异质性测试。
7. mr_penalised_weighted_median (Penalised weighted median): 对加权中位数估计器进行惩罚，以减少大误差的影响。不是默认方法，不进行异质性测试。
8. mr_ivw (Inverse variance weighted): 逆方差加权方法，是多个工具变量MR分析的标准方法。默认使用，进行异质性测试。
9. mr_ivw_radial (IVW radial): 逆方差加权的变体，用于检测和调整异常值的影响。不是默认方法，进行异质性测试。
10. mr_ivw_mre (Inverse variance weighted (multiplicative random effects)): 逆方差加权的随机效应模型，考虑了工具变量间的异质性。不是默认方法，不进行异质性测试。
11. mr_ivw_fe (Inverse variance weighted (fixed effects)): 逆方差加权的固定效应模型，假设所有工具变量的效应大小一致。不是默认方法，不进行异质性测试。
12. mr_simple_mode (Simple mode): 模式估计器，基于最常见效应大小的MR分析。默认使用，不进行异质性测试。
13. mr_weighted_mode (Weighted mode): 加权模式估计器，考虑了效应大小的频率和精确度。默认使用，不进行异质性测试。
14. mr_weighted_mode_nome (Weighted mode (NOME)): 加权模式估计器的变体，用于非测量误差情况。不是默认方法，不进行异质性测试。
15. mr_simple_mode_nome (Simple mode (NOME)): 简单模式估计器的变体，用于非测量误差情况。不是默认方法，不进行异质性测试。
16. mr_raps (Robust adjusted profile score (RAPS)): 一种鲁棒的调整分数方法，用于处理工具变量无效的情况。不是默认方法，不进行异质性测试。
17. mr_sign (Sign concordance test): 符号一致性测试，用于检测暴露和结果之间符号的一致性。不是默认方法，不进行异质性测试。
18. mr_uwr (Unweighted regression): 不使用权重的回归分析，适用于工具变量效应大小相似的情况。不是默认方法，进行异质性测试。

这些方法各有特点，选择哪种方法取决于数据的特性和研究的具体需求。